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D'une très grande richesse écologique, attestée par la présence d'espèces végétales et animales rares, ce havre est l'un des plus grands de la côte ouest du Cotentin.
Il constitue la partie côtière de la large ZSC FR2500081 "Havre de Saint-Germain-sur-Ay et Landes de Lessay" au titre de la Directive Habitats de Natura 2000.
FLORE
On note sur ce site une grande diversité et de grandes extensions des phytocénoses, ce qui permet de le considérer, sur cet aspect, comme le plus riche des havres du Cotentin, avec un niveau de valeur national.
Mentionnons la présence de quelques espèces rares dont certaines sont protégées au niveau national (**) ou régional (*).
Citons pour les prés salés la Salicorne radicante (Arthrocnemum perenne), l'Armoise maritime (Artemisia maritima), le Statice occidental (Limonium occidentale), le Statice à feuilles de Lychnis (Limonium lychnidifolium), la Laîche étirée (Carex extensa), le Scirpe des chaisiers glauque (Scirpus tabernaemontani), le Scirpe piquant (Scirpus pungens*)...
Les dunes de la pointe du Banc (St-Germain-sur-Ay), puis du Becquet (Créances), renferment également des espèces d'intérêt patrimonial telles l'Elyme des sables (Elymus arenarius**), le Bec-de-grue maritime (Erodium maritimum*), la Koelérie blanchâtre (Koeleria albescens), l’Œillet de France (Dianthus gallicus**)...
D'autres espèces d'intérêt patrimonial ont été identifiées comme la Drosera à feuilles rondes (Drosera rotundifolia**), la Drosera intermédiaire (Drosera intermedia**) ou encore la Narthécie des marais (Narthecium ossifragum*), la Pyrole des sables (Pyrola rotundifolia var. arenaria**), l'Orchis grenouille (Coeloglossum viride*),...
Sur le plan mycologique, de nombreuses espèces intéressantes typiques ont été recensées dont le Strophaire petite couronne (Stropharia coronilla).
FAUNE
Il faut mentionner le très grand intérêt entomologique de cette zone, par la présence d'espèces rares qu'elle recèle.
Mentionnons, parmi les Coléoptères aquatiques, l'espèce déterminante Nebrioporus canaliculatus.
Dans l'Ordre des Hémiptères, en matière d'Homoptères, une espèce très particulière de puceron myrmécophile, Paracletus cimiciformis ; et en Hétéroptères, Carpocoris mediterranea atlanticus, et surtout Conostethus griseus (=salinus), de la famille des miridés, une espèce nouvelle pour la France puisque les herbus de ce havre constituent sa seule station connue.
Parmi les Hyménoptères, notons Podalonia luffii, et surtout Lestica subterranea, espèce très rare dans la Manche.
Les inventaires montrent aussi la présence de Lépidoptères peu communs tels que l'Azuré des mouillères (Maculinea alcon**), et d'Odonates dont la Cordulie au corps fin (Oxygastra curtisii) et surtout le Leste dryade (Lestes dryas).
Parmi les Diptères, retenons Aspites berolinensis et Myopa tessellatipennis.
En Arthropodes, on peut aussi citer le groupe des Crustacés, avec le petit Cypris bispinosa.
Grâce à ses qualités de refuge pour les oiseaux, notamment les migrateurs, ce site est également d'une valeur ornithologique reconnue. On peut observer la nidification de l'Huîtrier-pie (Haematopus ostralegus), du Tadorne de Belon (Tadorna tadorna), du Gravelot à collier interrompu (Charadrius alexandrinus), du Traquet motteux (Oenanthe oenanthe).
On note également l'estivage régulier de trois espèces de Sternes : Sterne caugek (Sterna sandvicensis), Sterne pierregarin (S. hirundo) et Sterne naine (S. albifrons).
En hiver, ce sont également de nombreux passereaux, limicoles et canards qui fréquentent le havre.
Sur le plan herpétologique, notons la présence de la Vipère péliade (Vipera berus).
Concernant les Amphibiens, on retiendra en Anoures le Crapaud accoucheur (Alytes obstetricans), mais surtout le Crapaud calamite (Bufo calamita) et le Pélodyte ponctué (Pelodytes punctata). Et parmi les Urodèles, notons la présence simultanée des rares Tritons crêté (Triturus cristatus) et marbré (Triturus marmoratus).
Interrelation d'habitats remarquables (pré salés, dunes, ...) abritant de nombreuses espèces d'intérêt patrimonial tant animales que végétales.
