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Le substratum géologique du bassin versant de l'Huisne est composé dans sa grande majorité de terrains crétacés tabulaires à dominante crayeuse, localement sableux : les sables du Perche. Les sables apparaissent au Nord-Est, le long des cours de la Commeauche, de la Jambée et de la Corbionne et, de manière sporadique, plus au Sud à proximité de Nogent-le-Rotrou, le long de la vallée de l'Huisne et de ses affluents.
Le paysage du bassin est dominé par la présence de collines bocagères plus ou moins ouvertes, de formes relativement douces et d'altitude modérée, généralement comprise entre 150 et 200 mètres. Seuls les sables du Perche, davantage sensibles à l'érosion, génèrent des reliefs plus marqués qui, bien qu'empâtés par le colluvionnement, peuvent culminer autour de 250 mètres.
A l'extrémité Nord-Est du bassin, un vaste plateau forestier se développe sur les horizons d'argiles à silex. Son relief monotone, dont l'altitude est comprise entre 210 et 260 mètres, n'est affecté que de molles ondulations et de rares thalwegs.
Les pluies qui affectent le bassin sont modestes : la pluviométrie annuelle est comprise entre 700 et 800 mm en moyenne. Elles génèrent un ruissellement pondéré le long des pentes des collines crayeuses, fréquemment noyées sous les colluvions, et plus sensible le long des versants modelés dans les sables du Perche et dans les terrains jurassiques argileux et marneux.
La variété et la qualité des habitats sont ici remarquables et génèrent la présence d'espèces animales et végétales d'intérêt patrimonial.
FAUNE
Les quelques relevés entomologiques réalisés dans cette zone ont permis de recenser quelques espèces rares de papillons comme la Grande Tortue (Nymphalis polychloros), l'Ecaille chinée (Callimorpha quadripunctaria), l'Hespérie du chiendent (Thymelicus acteon), le Cuivré fuligineux (Heodes tityrus), le Nacré de la Sanguisorbe (Brenthis ino), le Thécla de l'Orme (Satyrium W-album) dont c'est la seule station connue de l'Orne, la Mélitée noirâtre (Melitaea diamina) -cette zone constituant l'une de ses rares stations connues en Basse-Normandie-.
Le haut-bassin de l'Huisne est également d'un grand intérêt piscicole. Les espèces les plus remarquables sont ici l'Ombre commun (Thymallus thymallus) -acclimaté avec succès dans les années 80 et dont la population est aujourd'hui fonctionnelle-, la Truite fario (Salmo trutta fario) qui compte de belles populations, la Lamproie de Planer (Lampetra planeri) et le Chabot (Cottus gobio), indicateurs de la qualité de l'eau et des habitats aquatiques. L'Ecrevisse à pieds blancs (Austropotamobius pallipes) est présente sur certains affluents.
La vallée de l'Huisne constitue un axe de migration très emprunté par l'avifaune et la diversité des biotopes offerts est à l'origine d'une richesse en espèces. Les secteurs d'étangs et prairies humides accueillent anatidés et limicoles, les mégaphorbiaies sont riches en fauvettes aquatiques et de nombreux passereaux trouvent dans cette zone un lieu de vie privilégié. Parmi les nicheurs les plus remarquables, signalons le Courlis cendré (Numenius arquata), le Vanneau huppé (Vanellus vanellus), la Locustelle tachetée (Locustella naevia), le Bruant des roseaux (Emberiza schoeniclus), la Mésange boréale (Parus montanus), la Chouette chevêche (Athene noctua) pour laquelle ce bassin constitue l'une des principales zones de reproduction et la Huppe fasciée (Upupa epops).
FLORE
L'hydromorphie des sols, le caractère semi-tourbeux de la vallée et l'existence de points d'eau (étangs, fossés...) sont à l'origine de la présence d'associations végétales originales et intéressantes. Plusieurs plantes remarquables, parfois protégées au niveau national (**) ou régional (*) et caractéristiques de ces zones humides du Perche, y ont été observées. Citons plus particulièrement l'Orchis grenouille (Coeloglossum viride*), la Spiranthe d'été (Spiranthes aestivalis**), l'Epipactis des marais (Epipactis palustris), la Linaigrette à feuilles larges (Eriophorum latifolium*), la Parnassie des marais (Parnassia palustris*), le Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia**), le Scirpe pauciflore (Eleocharis quinqueflora*), le Cystoptéris fragile (Cystopteris fragilis*), la petite Utriculaire (Utricularia minor*), le Trèfle d'eau (Menyanthes trifoliata), la Laîche à fruits gracieux (Carex lepidocarpa), le Plantain à feuilles lancéolées (Alisma lanceolatum), le Potamot de Berchtold (Potamogeton berchtoldii), la Grenouillette à feuilles capillaires (Ranunculus trichophyllus), le Cucubale à baies (Cucubalus baccifer), le Polytric commun (Polytrichum commune)... Située dans le département de la Sarthe, la partie la plus aval renferme le Jonc fleuri (Butomus umbellatus), la Renoncule à feuilles d'Ophioglosse (Ranunculus ophioglossifolius**) ou encore le Trèfle de Micheli (Trifolium michelianum).
Vaste ensemble correspondant au haut-bassin de l'Huisne et renfermant des habitats dont la qualité est à l'origine de la présence d'espèces animales et végétales d'intérêt patrimonial.
