En Sologne bourbonnaise, les dépôts tertiaires sableux, marneux et argileux sont majoritairement acides et souvent imperméables. Le site englobe un ensemble de tourbières, d’étangs, de boisements humides, de prés tourbeux acidiphiles, de landes et de pelouses sèches insérés dans un paysage alternant pâtures, cultures et massifs boisés.
Ce site est d’intérêt régional pour ses habitats et sa flore inféodée aux zones humides. Le secteur abrite l'une des dernières tourbières de fond de vallée (Tourbière de Cronat) encore en excellent état de conservation avec des végétations de gouilles particulièrement riches en espèces remarquables. Des éléments remarquables de milieux tourbeux sont également dispersés ailleurs (rives, queues d'étangs et prairies). Les éléments patrimoniaux du site peuvent être considérés comme des reliques de ce que la Sologne bourbonnaise devait accueillir plus largement autrefois.
Dans les systèmes tourbeux, de nombreux habitats d'intérêt européen ont été observés avec :
- des landes humides à tourbeuses à Bruyère à quatre angle (Erica tetralix), habitat atlantique proche de la limite est de son aire de répartition,
- de l'aulnaie-frênaie des bordures de ruisseaux,
- des aulnaies marécageuses acidiphiles,
- des prairies paratourbeuses à Molinie bleue (Molinia caerulea) et Jonc acutiflore (Juncus acutiflorus),
- des bas-marais tourbeux (alliance végétale du Caricion fuscae),
- des bas-marais tremblant (alliance végétale du Caricion lasiocarpae),
- des gouilles à Rhynchospore blanc (alliance végétale du Rhynchosporion albae),
- de la végétation aquatique des eaux acides pauvres en éléments nutritifs.
La flore déterminante pour l’inventaire ZNIEFF est très diversifiée, à l'image des espèces liées au système tourbeux telles que :
- la Spiranthe d’été (Spiranthes aestivalis), orchidée protégée réglementairement, exceptionnelle en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Utriculaire mineure (Utricularia minor), plante carnivore aquatique exceptionnelle en Bourgogne,
- le Scirpe flottant (Isolepis fluitans), plante aquatique exceptionnelle en Bourgogne et protégée réglementairement,
- le Rossolis intermédiaire (Drosera intermedia), plante carnivore protégée réglementairement, rarissime en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Bruyère à quatre angles (Erica tetralix), plante protégée réglementairement, rarissime en Bourgogne, en limite est de son aire de répartition,
- le Rhynchospore blanc (Rhynchospora alba), plante protégée réglementairement, rarissime en Bourgogne,
- le Millepertuis des marais (Hypericum elodes), plante amphibie rarissime en Bourgogne, protégée réglementairement et en limite est de son aire de répartition,
- le Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia), plante carnivore protégée réglementairement, rare en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Laîche filiforme (Carex lasiocarpa), plante déterminante en Bourgogne et qui y est très rare, inscrite au livre rouge de la flore menacée de France.
En périphérie de la tourbière de Cronat (bas-marais, prairies et boisements humides), d’autres espèces végétales protégées réglementairement ont été notées comme le Peucédan des marais (Thysselinum palustre), l’Orchis à fleurs lâches (Anacamptis laxiflora) et la Renoncule lierre (Ranunculus hederaceus).
En milieu sableux sec, des habitats d’intérêt européen sont également notés avec des pelouses sèches sur sols sableux associées à des landes sèches à Callune (Calluna vulgaris), Ajonc nain (Ulex minor) et Bruyère cendrée (Erica cinerea). Cet habitat atlantique est proche de la limite est de son aire de répartition. Des espèces protégées réglementairement se trouvent dans ces deux types de milieux, notamment :
- l'Ajonc nain (Ulex minor), plante très rare en Bourgogne, en limite est de son aire de répartition,
- la Bruyère cendrée (Erica cinerea), plante rare en Bourgogne, en limite est de son aire de répartition,
- l'Anarrhine à feuilles de pâquerette (Anarrhinum bellidifolium), plante très rare en Bourgogne, proche de la limite nord de son aire de répartition et protégée réglementairement,
- le Persil des montagnes (Oreoselinum nigrum), plante rare en Bourgogne et proche de la limite nord de son aire de répartition.
Ce patrimoine dépend :
- d’une restauration (débroussaillage) et d’un entretien (pâturage, fauche) dans les secteurs en déprise susceptibles de se boiser et de perdre leur intérêt pour la faune et la flore des milieux tourbeux ouverts,
- du maintien d’un élevage extensif dans les secteurs prairiaux,
- d’une gestion douce des étangs, respectueuse des ceintures de végétation,
- d’une gestion forestière respectueuse des peuplements forestiers et de leurs abords secs et humides,
Il convient d'éviter au maximum l'extension des zones cultivées ainsi que la création de plans d'eau au niveau des zones humides.
La délimitation de la zone s'appuie surtout sur la connaissance botanique accumulée depuis une quinzaine d'année sur ce site (DIREN, CBNBP); le périmètre englobe un réseau important de zones humides avec des sites tourbeux d'importance régionale.
Le zonage s'appuie au maximum sur des limites naturelles (vallée) ou d'équipement (route, chemin).