A l’extrême sud de la Saône-et-Loire, sur les contreforts du massif du Beaujolais, le sommet de la Montagne de Saint-Cyr est formé de roches volcanosédimentaires tandis que le pied est granitique. Les boisements dominent avec un mélange de feuillus et de résineux. Les vallons du pied de montagne présentent quelques prés humides avec des ruisselets.
Très original en raison de sa situation géographique, la Montagne de Saint-Cyr offre une flore d'intérêt régional qui mêle diverses influences :
- montagnardes (Prenanthe pourpre, Polypode du Hêtre),
- atlantiques (Campanile à feuille de lierre),
- méridionales (Conopode dénudé),
- boréales (Trèfle d'eau),
- continentales (Nivéole).
1/ Les habitats forestiers, dominants sur le site, sont constitués de :
- chênaies sur sols acides,
- hêtraies acidiphiles à Houx (Ilex aquifolium), d’intérêt européen,
- hêtraies à Aspérule odorante (Galium odoratum) sur les terrains riches en bases, d’intérêt européen.
Ces habitats abritent un cortège d’espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF dont:
- la Prenanthe pourpre (Prenanthes purpurea), plante montagnarde rarissime en Bourgogne, protégée réglementairement,
- le Conopode dénudé (Conopodium majus), plante rarissime en Bourgogne (connue uniquement du Morvan sud et du Charolais granitique), en limite nord de son aire de répartition,
- le Polypode du hêtre (Phegopteris connectilis), fougère montagnarde rarissime en Bourgogne,
- la Nivéole (Leucojum vernum), plante des sols riches en bases, exceptionnelle dans les régions cristallines.
Parfois importantes, les plantations de résineux constituent l'essentiel du reste du site.
Des aulnaies marécageuses et des saulaies tourbeuses, habitats d’intérêt régional, ont été notées dans certains vallons humides.
2/ Des prairies humides situées dans des petits vallons prairiaux ou forestiers abritent des habitats d’intérêt régional très localisés dans l’espace dont:
- des tremblants tourbeux à Potentille des marais (Comarum palustre),
- des prairies paratourbeuses à Cirse d’Angleterre (Cirsium dissectum) et Scorzonère basse (Scorzonera humilis).
Des espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF y ont été observées, comme :
- la Campanille à feuilles de lierre (Wahlenbergia hederacea), plante protégée réglementairement, très rare en Bourgogne et en limite est de son aire de répartition,
- le Trèfle d’eau (Menyanthes trifoliata).
3/ Enfin, quelques pointements rocheux sont favorables à des végétations pionnières (pelouses vivaces ou annuelles sur sols acides, fentes de rochers) d’intérêt régional et abritant des espèces déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF avec :
- la Spargoute printanière (Spergula morisonii), plante annuelle naine protégée réglementairement,
- la Scléranthe polycarpe (Scleranthus polycarpos), plante naine rarissime en Bourgogne,
- la Doradille du Nord (Asplenium septentrionale), fougère très rare en Bourgogne.
Les habitats et les espèces présentes sur le site dépendent d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sols, topographie, hydrographie), conservant les clairières forestières, les cours d’eau et les autres habitats annexes. Le maintien de vastes ensembles feuillus est ici important pour conserver le patrimoine naturel, les plantations de résineux étant d'ores et déjà bien étendues.
Le maintien d'un élevage extensif est aussi important pour conserver les enjeux liés aux prairies humides dans les secteurs bocagers.
Périmètre délimité par les limites naturelles du massif. Le contour est calé sur les routes, les chemins et les lisières boisées.