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En bordure du Bas-Morvan, le site comprend la partie la plus septentrionale de la vallée du Cousin en contexte granitique. Au nord débute la Terre plaine argileuse et marneuse. Le site repose ainsi majoritairement sur des terrains cristallins, et localement sur des marnes et argiles du Lias recouvrant les granites. Ces roches variées ainsi que le relief mouvementé de la vallée du Cousin sont à l’origine de la diversité de milieux observés. Boisements, prairies bocagères, rivières, rochers, friches et pelouses se partagent le territoire.
Ce site est d’intérêt régional pour ses bois, ses rivières et ses milieux secs, avec la flore et la faune associées.
Les coteaux, où les granites affleurent, sont caractérisés par une mosaïque d’habitats remarquables avec :
- des landes sèches, habitat d’intérêt européen,
- des pelouses sur arènes enrichies en bases à Fétuque à longues feuilles (Festuca longifolia), habitat d’intérêt européen,
- des pelouses sur dalles siliceuses enrichies en bases à orpins (Sedum album, Sedum rupestre), habitat d’intérêt européen,
- des pelouses ouvertes à annuelles sur dalles siliceuses et arènes, habitat d’intérêt régional,
- des végétations de fentes de rochers siliceux, habitat d’intérêt européen,
- des fruticées dominées par les épineux qui ont tendance à gagner sur les pelouses,
- des boisements sur sols superficiels bien exposés à tendance acide, à Chêne sessile (Quercus petraea) et Silène penché (Silene nutans).
Ces habitats secs abritent entre autres le Millepertuis à feuilles linéaires (Hypericum linearifolium), espèce proche de la limite est de son aire de répartition, exceptionnelle en Bourgogne.
Les boisements, dominants sur le site, sont composés des habitats suivants :
- chênaies-charmaies et chênaies-frênaies sur sols neutres à peu acides, sur le plateau et les versants,
- chênaies à Canche flexueuse (Avenella flexuosa) sur sols acides,
- tiliaies-érablaies sur blocs, habitat d’intérêt européen,
- ripisylves d’aulnes et de frênes le long des cours d’eau, habitat d’intérêt européen,
- hêtraies médio-européennes sur sols faiblement acides à Millet diffus (Milium effusum), habitat d’intérêt européen,
- hêtraies sur sols acides (granites), habitat d’intérêt européen.
Ces habitats forestiers sont riches en espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- Fétuque des bois (Festuca altissima), plante forestière exceptionnelle en Bourgogne,
- Circée intermédiaire (Circaea x intermedia), plante de bois humides, rarissime en Bourgogne,
- Doronic panthère (Doronicum pardalianches), espèce rarissime en Bourgogne,
- Osmonde royale (Osmunda regalis), fougère de bois humides, très rare en Bourgogne, protégée réglementairement,
- Pavot du Pays de Galles (Meconopsis cambrica), plante rarissime en Bourgogne, protégée réglementairement,
- Impatiente ne-me-touchez-pas (Impatiens noli-tangere), plante de bois humides, très rare en Bourgogne, protégée réglementairement,
- Polystic à soies (Polystichum setiferum), fougère forestière très rare en Bourgogne.
Le réseau hydrographique (rivières, ruisseaux et sources) héberge une faune aquatique remarquable, avec les espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF suivantes :
- Moule perlière (Margaritifera margaritifera), mollusque d’intérêt européen, menacé en France par la dégradation de la qualité de l’eau,
- Mulette épaisse (Unio crassus), moule d'intérêt européen indicatrice des cours d'eau de taille moyenne et de bonne qualité,
- Lamproie de Planer (Lampetra planeri), poisson d’intérêt européen indicateur d’une bonne qualité de l’eau,
- Chabot (Cottus gobio), poisson d'intérêt européen,
- Vandoise (Leuciscus leuciscus),
- Brochet (Esox lucius),
- Cincle plongeur (Cinclus cinclus), oiseau pêcheur d’invertébrés aquatiques qui se reproduit au niveau des cours d’eau,
- Perla abdominalis, plécoptère indicateur de rivières de bonne qualité physico-chimique.
Quelques prairies bocagères présentent un réseau de mares, lieu de reproduction d’amphibiens protégés réglementairement, comme la Rainette arboricole (Hyla arborea) et l’Alyte accoucheur (Alytes obstetricans).
Ce paysage varié est favorable aux chauves-souris. Des colonies de mise bas ont été répertoriées dans plusieurs bâtiments à Magny et Avallon, avec quatre espèces de chauves-souris d’intérêt européen :
- Grand murin (Myotis myotis),
- Murin à oreilles échancrées (Myotis myotis),
- Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros),
- Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum).
Ce patrimoine dépend :
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes (cours d'eau, lisières externes, milieux ouverts intraforestiers),
- d'un élevage extensif respectueux des milieux prairiaux, des mares et des linéaires de haies interconnectés entre eux,
- de la dynamique naturelle du cours d’eau (il convient d’éviter les barrières physiques et l’enrochement des berges).
Le périmètre est délimité par :
- les habitats de vallée riches en plantes remarquables (rochers, ripisylves, forêts de ravins...),
- les habitats d'eau courantes et leurs abords, habitats d'une faune aquatique patrimoniale (invertébrés, oiseaux, poissons...),
- les terrains de chasse favorables (prés, haies, bois) aux jeunes chauves-souris autour des gîtes de mise bas,
- les habitats vitaux minimum d'amphibiens.
