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Au sein du plateau du Vézelien, le site se compose d'un coteau pentu qui recoupe les calcaires du Jurassique moyen. Pelouses, fourrés et boisements se partagent l’espace.
Le Mont-Martin et le coteau de la Manse présentent des habitats d’intérêt européen avec :
- des pelouses calcaires semi-arides (alliance végétale du Mesobromion erecti),
- des pelouses arides (alliance végétale du Xerobromion erecti) localisées sur les secteurs les plus secs,
- des fourrés à Genévrier (Juniperus communis),
- de la hêtraie-chênaie froide à Dentaire pennée (Cardamine heptaphylla) en versant nord et est,
- de la hêtraie sèche en versant sud.
Le secteur abrite également d'anciennes carrières dont l'exploitation est actuellement abandonnée et qui peuvent constituer d'intéressants habitats pour une faune particulière.
Ces habitats abritent un cortège remarquable d’espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec notamment :
- la Céphalanthère rouge (Cephalanthera rubra), orchidée protégée réglementairement,
- l'Alisier de Fontainebleau (Sorbus latifolia), arbre protégé réglementairement et endémique du centre de la France,
- la Zygène de la Petite coronille (Zygaena fausta), papillon des pelouses sèches, assez rare en Bourgogne,
- le Lézard vert (Lacerta bilineata), reptile proche de la limite nord de son aire de répartition,
- la Pie-grièche écorcheur (Lanius collurio) et l'Alouette lulu (Lullula arborea), deux passereaux d’intérêt européen,
- le Guépier d’Europe (Merops apiaster).
Les pelouses sont actuellement plus ou moins enfrichées et leur colonisation par de la fruticée mésophile à Prunellier (Prunus spinosa) et Cornouiller sanguin (Cornus sanguinea) est localement assez dynamique. Une restauration (débroussaillage) et un entretien (pâturage, fauche) permettraient de contrecarrer cette évolution.
Par ailleurs, une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés au conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie) est également importante.
Le site intègre les pelouses calcaires et les milieux associés, notamment des hêtraies. Il intègre également les sablières situées dans la vallée de l'Yonne où se reproduisent des espèces déterminantes, ainsi qu'une ancienne carrière d'extraction de calcaires en blocs : la carrière de la Manse, qui présente aujourd'hui des pelouses calcaires et des éboulis. Le site est délimité par les secteurs cultivés et les boisements de type chênaie-charmaie.
