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Le site concerne la confluence entre la Loire et l’Allier. Des grèves sableuses alternent avec des méandres abandonnés, des portions de forêts riveraines et des îlots de graviers régulièrement remaniés. L’Allier et la Loire, cours d'eau très dynamiques, présentent une large bande de divagation. Dans le lit mineur, des successions de zones d’érosions et de dépôts d’alluvions sont à l’origine de biotopes variés : grèves sablo-graveleuses sèches, pelouses sur alluvions, îles boisées. Dans le lit majeur, des bras morts présentent différents types d’habitats humides : boires, mares, noues, prairies inondables ou encore saulaies à Saule blanc.
Ce site est d’intérêt régional pour ses habitats alluviaux, sa faune et sa flore.
Le cours du fleuve et ses abords présentent divers habitats avec :
- des végétations sur dépôts sableux, d’intérêt régional,
- des végétations sur dépôts limoneux, d’intérêt européen,
- des herbiers aquatiques des plans d’eau, d’intérêt européen,
- des végétations amphibies des berges exondées des plans d’eau, d’intérêt européen,
- des prairies humides inondables, d’intérêt régional,
- des ourlets humides à hautes herbes des bordures de cours d’eau, d’intérêt européen,
- des saulaies pionnières riveraines,
- des forêts alluviales à frênes, ormes et saules, d’intérêt européen,
- des pelouses dunaires acidiphiles, d’intérêt européen,
- des pelouses sur alluvions calcaréo-siliceuses (alliance végétale de l’Armerienion elongatae), d’intérêt européen.
Les pelouses sèches accueillent une grande variété d’espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF dont:
- l'Agrostis interrompu (Apera interrupta), plante annuelle des pelouses sur sable, exceptionnelle en Bourgogne,
- la Laîche de la Loire (Carex ligerica), plante des pelouses sableuses, rarissime en Bourgogne, inscrite au livre rouge de la flore menacée de France et protégée réglementairement,
- le Silène conique (Silene conica), plante annuelle naine des pelouses, exceptionnelle en Bourgogne,
- l'Armoise champêtre (Artemisia campestris), plante rare et localisée en Bourgogne, protégée réglementairement,
- la Renoncule de Montpellier (Ranunculus monspeliacus), plante méditerranéenne rarissime en Bourgogne,
- la Renoncule des marais (Ranunculus paludosus), plante méditerranéenne exceptionnelle en Bourgogne,
- la Prêle occidentale (Equisetum x moorei), fougère rarissime en Bourgogne,
- le Persil des montagnes (Oreoselinum nigrum), plante protégée réglementairement, rare en Bourgogne et proche de la limite nord de son aire de répartition,
- le Corynéphore blanchâtre (Corynephorus canescens), plante protégée réglementairement, rare en Bourgogne.
Les milieux humides accueillent également des espèces végétales déterminantes avec :
- la Scutellaire à feuilles hastées (Scutellaria hastifolia), plante très rare en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Pulicaire vulgaire (Pulicaria vulgaris), plante protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- le Butome en ombelle (Butomus umbellatus), plante protégée réglementairement.
Les berges sableuses exondées constituent des sites de nidification pour la Sterne pierregarin (Sterna hirundo) et la Sterne naine (Sternula albifrons), deux oiseaux d’eau d’intérêt européen, respectivement nicheurs rares et très rares en Bourgogne, sensibles au dérangement sur leurs sites de reproduction (bancs de graviers) et aux modifications du régime fluvial.
Le site constitue également un important site d'hivernage pour des oiseaux déterminants pour l’inventaire ZNIEFF comme la l’Oie cendrée (Anser anser) et l’Oie des moissons (Anser fabilis). Il joue aussi un rôle en période de halte migratoire pour les oiseaux limicoles comme le Combattant varié (Philomachus pugnax), échassier d’intérêt européen.
Au niveau des berges du fleuve, un cortège d’insectes déterminants pour l’inventaire ZNIEFF a été répertorié avec notamment :
- le Gomphe à pattes jaunes (Gomphus flavipes) et le Gomphe serpentin (Ophiogomphus cecilia), deux libellules d’intérêt européen,
- le Gomphe semblable (Gomphus simillimus).
Le fleuve est en outre un corridor écologique pour les poissons migrateurs comme la Lamproie marine (Petromyzon marinus), le Saumon de l’Atlantique (Salmo salar) et l’Alose (Alosa alosa), trois poissons d’intérêt européen et sensibles aux pollutions et aux dégradations du lit des cours d'eau (ouvrages d'arts, extractions de matériaux).
Le Castor (Castor fiber), mammifère d’intérêt européen, est aussi bien implanté sur le fleuve.
Le tunnel de Gimouille, désaffecté, accueille quant à lui deux espèces de chauves-souris d’intérêt européen en période d’hibernation :
- Grand Murin (Myotis myotis),
- Barbastelle (Barbastella barbastellus).
Le patrimoine ligérien dépend essentiellement du maintien de la dynamique naturelle du fleuve.
Une agriculture extensive (pâturage extensif, absence de retournement des prairies) est également importante.
Par ailleurs, les chauves-souris sont sensibles : le dérangement provoque le réveil des individus et la surconsommation de leurs réserves énergie, ce qui peut compromettre leur survie en période hivernale.
Le périmètre correspond au champ d'expansion des crues. Le contour est calé
- en rive droite, sur le pied des premiers reliefs,
- en rive gauche, sur les voies de communication.
Le tronçon de Loire concerné s'étend de l'aval de Nevers au pont de Fourchambault et pour l'Allier de l'aval de la voie de chemin de fer jusqu'au bec d'Allier.
