ZNIEFF 260009937
VAUX D'YONNE

Au cœur des plateaux du Vézelien et du Beuvron, le site des Vaux d’Yonne comprend :
- des plateaux de calcaires du Jurassique moyen et supérieur plus ou moins recouverts de formations d’argiles ou de limons du Tertiaire,
- des vallées alluviales comme l’Yonne et le Beuvron ainsi que leurs affluents (Saint-Germain, Armance, etc.). 
Le territoire est composé :
- de coteaux calcaires (cuesta qui s’étend du Mont Vigne à Clamecy, versants des vallées), support de pelouses, de fruticées associées à des plantations de Pins, et de peuplements naturels de chênes et de charmes, voire de hêtres,
- de plateaux calcaires forestiers,
- de vallées alluviales où les cultures des terrasses côtoient les prairies bocagères du bord des cours d’eau.
Ce site est d’intérêt régional pour ses habitats variés (pelouses sèches, boisements, vallées inondables) avec la faune et la flore inféodée.
1) Différents milieux secs caractérisent les pentes calcaires bien exposées, notamment :
- des pelouses sèches, d'intérêt européen,
- des éboulis calcaires, d'intérêt européen,
- des fentes de rochers calcaires ensoleillés ou ombragés, d'intérêt européen (habitats bien exprimés sur le site des Roches de Basseville),
- des pelouses à Orpins (Sedum sp.) sur affleurements rocheux, d'intérêt européen,
- des fruticées à Genévrier (Juniperus communis), d'intérêt européen,
- des fourrés à Amélanchier (Amelanchier ovalis) sur les corniches rocheuses du Rocher de Basseville, d'intérêt régional,
- différents types d’ourlets herbacés, d'intérêt régional,
- des chênaies pubescentes, d'intérêt régional,
- des chênaies-charmaies sèches.
Plusieurs espèces déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF y ont été répertoriées avec par exemple : 
- la Gentiane croisette (Gentiana cruciata), plante des pelouses sèches, exceptionnelle en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Marguerite de la Saint-Michel (Aster amellus), plante des pelouses et des lisières sèches, très rare en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l(Alisier de Fontainebleau (Sorbus latifolia), arbre très rare en Bourgogne, endémique Français, protégé réglementairement et inscrit au livre rouge de la flore menacée de France,
- divers reptiles comme le Lézard vert (Lacerta bilineata), protégé réglementairement et proche de la limite nord de son aire de répartition.
- l'Hespérie de l'Alchémille (Pyrgus serratulae), papillon assez rare, approchant ici de la limite nord-ouest de son aire de répartition et en forte régression suite à la dégradation des pelouses sèches,
- le Faucon pèlerin (Falco peregrinus), rapace nicheur rare en Bourgogne et d'intérêt européen.
2) Les fonds de vallées inondables et les étangs associés comportent le panel d’habitats suivants :
- herbiers aquatiques des cours d’eau, d’intérêt européen,
- mégaphorbiaies et ourlets herbacés humides, deux habitats d’intérêt européen, 
- ripisylves d’aulnes et de frêne, d’intérêt européen,
- sources, d’intérêt régional,
- végétations amphibies des cours d’eau, d’intérêt régional,
- prairies humides.
Ces milieux accueillent également des espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF, dont :
- l'Epipactis des marais (Epipactis palustris), orchidée des marais, rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Cigogne noire (Ciconia nigra), échassier d’intérêt européen, de passage, qui vient s’alimenter dans les cours d’eau et les milieux prairiaux voisin.
- la Lamproie de Planer (Lampetra planeri) et le Chabot (Cottus gobio), deux poissons d’intérêt européen indicateurs d’une bonne qualité d’eau et typiques des cours d'eau de tête de bassin,
- les Agrions de mercure (Coenagrion mercuriale) et orné (Coenagrion ornatum), deux libellules d'intérêt européen.
3) Compte-tenu de la géologie, de la topographie et de l’exposition des parcelles ainsi que de l’alimentation en eau et du traitement forestier appliqué sur le territoire, les boisements sont très diversifiés avec :
- de la hêtraie sèche sur adret calcaire, d’intérêt européen,
- de la hêtraie-chênaie à Aspérule (Galium odoratum), d’intérêt européen,
- de la tiliaie-érablaie de ravin, d’intérêt européen,
- de la chênaie-charmaie sèche sur terrains calcaires, 
- de la chênaie-charmaie sur terrains peu acides, argileux ou limoneux.
4) Par ailleurs, diverses chauves-souris d'intérêt européen comme le Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum), présentent des colonies d’hibernation dans des grottes, des caves voutées ou des mines. Elles utilisent les différents milieux (prairies bocagères, bordures boisées, pelouses, fruticées, ripisylves) pour se déplacer et s’alimenter.
5) Enfin, les différents milieux du site accueillent une avifaune nicheuse déterminante pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- la Pie-grièche écorcheur (Lanius collurio) et l'Alouette lulu (Lullula arborea), deux passereaux d’intérêt européen,
- l'Engoulevent d'Europe (Caprimulgus europaeus), oiseau d’intérêt européen menacé par la fermeture du milieu et par la modification des techniques sylvicoles,
- le Pouillot de Bonelli (Phylloscopus bonelli), passereau nicheur peu commun en Bourgogne.
Ce patrimoine dépend :
- du maintien d’une agriculture et d'un élevage extensifs, respectueux des haies, des milieux prairiaux et des cours d'eau, 
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles, respectueuse des clairières, layons, coupes et lisières.
Il convient de maintenir le régime hydraulique des cours d'eau, sans seuils ni enrochement des berges et en respectant les ripisylves.
Les pelouses, et certaines prairies de fond de vallée sont susceptibles de se boiser et de perdre leur intérêt pour la faune et la flore des milieux ouverts. Une restauration (débroussaillage) et un entretien (pâturage, fauche) permettraient de contrecarrer cette évolution.

Le périmètre est délimité par l'ensemble des plateaux calcaires cultivés avec une zone centrale forestière. Il intègre les vallées de l'Armance, de l'Yonne et du Beuvron. La limite ouest s'appuie sur les plateaux forestiers du Nivernais. A l'est, c'est le Morvan et le Vézelien qui font la limite. La zone remonte jusqu'au nord de Clamecy. Ces secteurs sont riches en habitats, en plantes et animaux d'intérêt régional.