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La forêt de Cîteaux s'inscrit dans les paysages typiques de la plaine de Saône, à savoir une alternance de cultures intensives et de massifs forestiers sur sols riches en marnes et en argiles recouverts de formations quaternaires diverses.
Les principaux habitats forestiers, chênaie-hêtraie acidicline et chênaie mixte-charmaie à tremble et bouleau, accueillent une grande richesse faunistique avec :
- pour l'avifaune : de nombreuses espèces d'oiseaux forestiers ont été recensées, notamment six espèces de pics dont trois déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF avec le Pic mar (Dendrocopos medius), le Pic épeichette (Dendrocopos minus) et le Pic cendré (Picus canus),
- pour les amphibiens avec la présence le Sonneur à ventre jaune (Bombina variegata), petit crapaud d'intérêt européen, dont la reproduction est favorisée par la formation d'ornières forestières et de petites zones humides temporaires. La forêt de Cîteaux héberge l'une des plus importantes populations de Sonneur à ventre jaune connue à ce jour en Bourgogne.
Depuis 1989, la création d'une réserve biologique domaniale gérée par l'Office National des Forêts, puis la désignation de la forêt au réseau des sites Natura 2000, ont contribué au suivi et à la préservation du patrimoine naturel de ce site.
Le périmètre est délimité par les zones de reproduction et les habitats vitaux (alimentation, hivernage) des amphibiens et des oiseaux déterminants pour l'inventaire ZNIEFF.
