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L'étang de Vaux-sur-Crône fait partie des nombreux étangs qui ponctuent la plaine de Saône, région naturelle dominée par les cultures et les grands massifs forestiers.
La queue d'étang est occupée par une roselière ainsi que par une magnocariçaie et des parvo-roselières, habitats abritant une avifaune nicheuse et migratrice remarquable. Cette végétation est notamment favorable à la Rousserolle turdoïde (Acrocephalus arundinaceus), nicheur rare en Bourgogne. La nidification probable du Bihoreau gris (Nycticorax nycticorax), échassier d'intérêt européen et nicheur rare en Bourgogne, a été notée en 2003. Le Butor étoilé (Bautorus stellaris) a été par ailleurs déjà été observé sur le site (nicheur incertain). Cet ardéidé est un nicheur très occasionnel en Bourgogne, menacé d'extinction par la régression des zones humides.
L’étang est bordé par un habitat déterminant pour l’inventaire ZNIEFF, la forêt de frêne et d’aulne.
Il est nécessaire de préserver les ceintures de végétation et les bordures boisées de l’étang, ainsi que de garder une gestion piscicole extensive pour assurer la conservation du patrimoine naturel, qui semble se maintenir malgré la pollution engendrée par les cultures intensives qui prédominent au sein du bassin versant.
Le périmètre englobe l'étang et sa queue marécageuse.
