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Au sein du paysage boisé et cultivé des collines calcaires de cette partie de la Montagne châtillonnaise, les vallons des sources de la Digeanne présentent une grande diversité d'habitats dont de nombreux sont d’intérêt européen.
L'essentiel des versants et fonds de vallon sont boisés avec :
- de la hêtraie-chênaie sur sols calcaires secs à Laîche blanche (Carex alba) sur les versants sud, d'intérêt européen,
- de la hêtraie-chênaie sur sols neutres à Aspérule odorante (Galium odoratum) sur les autres versants, d'intérêt européen,
- de la chênaie-frênaie à Ail des ours (Allium ursinum) en fond de combe.
Le bas-marais alcalin, habitat d’intérêt européen, abrite de nombreuses espèces végétales protégées réglementairement dont :
- le Choin ferrugineux (Schoenus ferrugineus), plante des marais, très rare en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au Livre rouge de la flore menacée de France,
- la Gentiane pneumonanthe (Gentiana pneumonanthe), plante des prairies humides et des marais, rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- l'Orchis incarnat (Dactylorhiza incarnata), orchidée des prairies et des marais, très rare en Bourgogne et protégée réglementairement, en régression suite à la disparition des prairies humides,
- l'Epipactis des marais (Epipactis palustris), orchidée des marais, rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- le Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia), plante carnivore rare en Bourgogne, inscrite au livre rouge de la flore menacée de France, protégée réglementairement et exceptionnelle en milieu alcalin.
L'ensemble des groupements de milieux humides est fragile et de surface très réduite. Il convient d'éviter de perturber le fonctionnement hydraulique des secteurs de marais et de tourbières (drainage, création de nouveaux plans d’eau, plantations de peupliers).
Une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant le marais tufeux, est importante.
La zone englobe les deux têtes de vallons boisés abritant les sources de la Digeanne. Elle intègre ainsi des habitats forestiers et des zones humides avec marais tufeux.
