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La forêt de Cîteaux s'inscrit dans les paysages typiques de la plaine de Saône, à savoir une alternance de cultures et de massifs forestiers sur sols riches en marnes et en argiles recouverts de formations quaternaires diverses. Sur ce site persistent encore quelques prairies bocagères relictuelles ainsi qu'un étang entouré d'un linéaire boisé.
Ce site est d'intérêt régional pour la flore et la faune qui y évolue.
Les ceintures végétales sont bien développées. Les berges exondées, habitat d'intérêt européen, abritent un cortège caractéristiques d'espèces déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF avec notamment :
- la Lindernie rampante (Lindernia palustris), plante amphibie rarissime en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Potentille couchée (Potentilla supina), plante amphibie exceptionnelle en Bourgogne,
- la Laîche de Bohème (Carex bohemica), plante rarissime en Bourgogne,
- le Scirpe à inflorescence ovoïde (Eleocharis ovata).
Les herbiers aquatiques, habitat d'intérêt régional, hébergent également des plantes déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF avec :
- la Lentille d'eau à trois sillons (Limna trisulea),
- la Naïade mineure (Najas minor).
Les étangs constituent en outre :
- une zone de reproduction pour la Rousserolle turdoïde (Acrocephalus arundinaceus), passereau aquatique nicheur rare en Bourgogne,
- une zone de halte migratoire ou d'hivernage pour divers autres oiseaux tels le Balbusard pêcheur (Pandion haliaetus), la Sarcelle d'hiver (Anas crecca) ou encore le Canard chipeau (Anas strepera).
La partie forestière est composée en partie d'un habitat déterminant pour l'inventaire ZNIEFF, la chênaie-charmaie à stellaire sub-atlantique. La Laîche à épis grêles (Carex strigosa), plante rare de Bourgogne, y a été observée.
La diversité du paysage dans ce secteur est favorable à la reproduction d'une espèce de chauve-souris d'intérêt européen, le Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus). Ce chiroptère forme une colonie de mise-bas en bâtiment (d'au moins 50 individus). Les haies et bordures boisées proches de son gîte lui sont essentiels pour chasser.
Les zones temporairement humides en forêt et suffisamment ensoleillées accueillent le Sonneur à ventre jaune, amphibien d'intérêt européen.
Le maintien de ce patrimoine naturel nécessite la préservation des quelques haies encore en place, des ceintures de végétation et des bordures boisées de l'étang. Il dépend également d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie).
Le périmètre est centré sur les gîtes de mise-bas de chauves-souris et est délimité par les terrains de chasse favorables (prés, haies, bois) des jeunes autours des gîtes de mise bas. Il comprend également un étang remarquable pour sa flore.
