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La Combe Pertuis, comprenant des friches calcaires et des boisements, est située au nord-ouest d'Arcenant. Elle entaille le plateau calcaire (datant du Jurassique moyen) de l’arrière-côte dijonnaise. Son orientation est-ouest est à l'origine d'une végétation et d'une flore d’intérêt régional, contrastée entre l’adret chaud et sec et l'ubac à ambiance froide et humide.
En exposition sud, une mosaïque diversifiée habitats d’intérêt régional sont présents avec notamment :
- de la falaise calcaire,
- de la pelouse xérophile (alliance végétale du Xerobromion erecti) sur les versants bien exposés à proximité des falaises,
- de la pelouse semi-arides de l'alliance végétale du Mesobromion erecti, en petits patchs sur le rebord de plateau,
- des ourlets herbacés sur terrains arides de l’alliance végétale du Geranion sanguinei, le long des chemins et en limite des falaises,
- des banquettes arbustives à Amelanchier ovale (Amelanchier ovalis) et Nerprun des alpes (Rhamnus alpina) de l’alliance végétale du Berberidion vulgaris, en rebord de falaise,
- de la chênaie pubescente méridionale.
Ces habitats présentent de nombreuses espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF, dont certaines présentent un caractère méditerranéo-montagnard marqué; c'est le cas pour :
- la Saponaire faux basilic (Saponaria ocymoides), plante exceptionnelle en Bourgogne,
- le Stipe penné (Stipa pennata), plante protégée réglementairement et exceptionnelle en Bourgogne,
- l'Anthyllide des montagnes (Anthyllis montana), plante protégée réglementairement,
- l'Inule des montagnes (Inula montana), plante protégée réglementairement,
- l'Erable à feuille d'obier (Acer opalus), proche de la limite ouest de son aire de répartition,
- le Trèfle alpestre (Trifolium alpestre), espèce très rare en Bourgogne.
Ces milieux constituent également des habitats de vie pour la faune patrimoniale des milieux chauds et secs tels que la Zygène de la Petite coronille (Zygaena fausta - papillon). Le Faucon pèlerin (Falco peregrinus), rapace nicheur rare en Bourgogne et d'intérêt européen, utilise les falaises pour sa nidification. Les sites favorables à la reproduction de cette espèce rupicole sont limités, nécessitant à la fois des falaises dégagées, une aire inaccessible aux prédateurs carnivores et des espaces de tranquillité au moment de la reproduction.
En exposition nord, une érablaie à Scolopendre (Asplenium scolopendrium), habitat d’intérêt européen, occupe le versant et le fond de vallon et abrite des espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF telles que :
- la Dentaire pennée (Cardamine heptaphylla),
- le Lys martagon (Lilium martagon).
Des secteurs en déprise sont susceptibles de se boiser et de perdre leur intérêt pour la faune et la flore, aussi une restauration des pelouses (débrousaillage) et un entretien approprié (fauche, pâturage) permettraient de contrecarrer cette évolution.
Périmètre délimité par les limites topographiques de la combe au niveau des secteurs connus pour leur richesse floristique.
