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Le site occupe un tronçon du lit majeur du val de Loire avec sa confluence avec l'Arroux. Les milieux alluviaux variés (bancs d’alluvions, bras morts, lit du fleuve) sont encadrés par de la prairie bocagère encore bien conservée. La Loire, cours d’eau très dynamique, est caractérisé par une large bande de divagation de son cours et par des successions de zones d’érosions et de dépôts d’alluvions, phénomène à l'origine de biotopes variés. Les bras morts sont riches en habitats humides.
Ce site est d’intérêt régional pour ses habitats alluviaux sa faune et sa flore.
Le cours du fleuve et ses abords présentent divers habitats avec :
- des herbiers aquatiques des eaux courantes, d’intérêt européen,
- des végétations pionnières amphibies des bordures de points d’eau, d’intérêt européen,
- des végétations sur dépôts sableux, d’intérêt régional,
- des végétations sur dépôts limoneux, d’intérêt européen,
- des petites roselières et caricaies au niveau des bras morts et des dépressions inondables,
- des saulaies pionnières riveraines,
- des forêts alluviales à frênes, ormes, peupliers et saules, habitats d’intérêt européen,
- des pelouses dunaires, d’intérêt européen,
- des pelouses sur alluvions calcaréo-siliceuses (alliances végétales du Sileno conicae-Cerastion semidecandri et de l’Armerienion elongatae), d’intérêt européen.
Les pelouses sèches accueillent un cortège varié d’espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- l'Astérocarpe blanchâtre (Sesamoides purpurascens), plante protégée réglementairement et exceptionnelle en Bourgogne,
- la Renoncule de Montpellier (Ranunculus monspeliacus), plante méditerranéenne rarissime en Bourgogne,
- la Renoncule des marais (Ranunculus paludosus), plante méditerranéenne rarissime en Bourgogne,
- la Crassule mousse (Crassula tillaea), plante naine rarissime en Bourgogne,
- la Vesce printanière (Vicia lathyroides), plante annuelle naine très rare en Bourgogne,
- la Mibora naine (Mibora minima), plante annuelle naine très rare en Bourgogne, en limite nord-est de son aire de répartition,
- la Spargoute printanière (Spergula morisonii), plante annuelle naine rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- le Corynéphore blanchâtre (Corynephorus canescens), plante protégée réglementairement et rare en Bourgogne,
- la Porcelle glabre (Hypochaeris glabra), plante naine des pelouses ouvertes sableuses, rare en Bourgogne.
Les milieux humides accueillent également une grande variété de plantes déterminantes avec :
- la Gratiole officinale (Gratiola officinalis), plante protégée réglementairement inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- le Peucédan des marais (Thysselinum palustre), plante rarissime en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Pulicaire vulgaire (Pulicaria vulgaris), plante des grèves exondées, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Hottonie des marais (Hottonia palustris), plante aquatique très rare en Bourgogne, protégée réglementairement,
- le Butome en ombelle (Butomus umbellatus), plante des marais, protégée réglementairement,
- l'Oenanthe à feuilles de silaüs (Oenanthe silaifolia), plante protégée réglementairement.
Le corridor ligérien constitue une zone de nidification majeure pour des oiseaux déterminants pour l’inventaire ZNIEFF comme :
- la Sterne pierregarin (Sterna hirundo) et la Sterne naine (Sternula albifrons), oiseaux d’eau d’intérêt européen, nicheurs rares à très rares en Bourgogne, sensibles au dérangement sur leurs sites de reproduction (bancs de graviers) et aux modifications du régime fluvial,
- l'Aigrette garzette (Egretta garzetta), échassier d'intérêt européen, nicheur rare en Bourgogne,
- le Bihoreau gris (Nycticorax nycticorax), échassier d'intérêt européen, nicheur rare en Bourgogne,
- l'Oedicnème criard (Burhinus oedicnemus), oiseau d’intérêt européen,
- l'Hirondelle de rivage (Riparia riparia), oiseau rupicole assez rare en Bourgogne,
- le Guêpier d’Europe (Merops apiaster),
- le Petit Gravelot (Charadrius dubius).
D’autres espèces d’oiseaux déterminants préfèrent nicher dans les secteurs bocagers, à l'image de :
- la Pie-grièche écorcheur (Lanius collurio), passereau d’intérêt européen,
- l'Alouette lulu (Lullula arborea), passereau d’intérêt européen,
- la Huppe fasciée (Upupa epops).
Le val de Loire est important en période de halte migratoire pour divers oiseaux d’eau comme le Chevalier sylvain (Tringa glareola).
Le fleuve en lui-même constitue un corridor écologique vital pour deux poissons migrateurs d’intérêt européen menacés par les perturbations physiques du lit des cours d'eau (extraction de granulats, barrages) et par la dégradation de la qualité des eaux :
- la Lamproie marine (Petromyzon marinus),
- le Saumon atlantique (Salmo salar).
Le site (berges du fleuve et ses prés humides) est aussi intéressant pour ses libellules avec :
- l'Agrion de mercure (Coenagrion mercuriale), libellule d'intérêt européen,
- le Gomphe semblable (Gomphus simillimus).
Enfin, le Crapaud calamite (Bufo calamita), amphibien protégé réglementairement, se reproduit dans les plans d’eau temporaires
Ce patrimoine dépend essentiellement du maintien de la dynamique naturelle du fleuve. Il convient d'éviter les extractions de matériaux dans le lit majeur, la création de digues et le remblaiement.
Une agriculture extensive (pâturage extensif, absence de retournement des prairies) est également importante.
Périmètre englobant globalement la vallée inondable. Plus précisément le contour nord s’appuie sur le pied de coteau (interfluve), le contour sud et est sur la limite départementale avec l'Allier. A proximité de Digoin, la limite a été adossée au périmètre urbanisé et le long de la voie ferrée. Côté Saint-Agnan, la limite ouest a été calée sur les chemins agricoles.
