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Dans la partie sud de la Bresse, les alluvions quaternaires du val de Seille en aval de Louhans sont couverts de prairies bocagères inondables de part et d'autres de la rivière et de ses milieux annexes (ripisylve notamment). Les parcelles cultivées et les peupleraies sont assez limitées.
La vallée de la Seille est d’intérêt régional pour ses nombreux milieux humides riches en faune et en flore.
En bon état de conservation, l'ensemble des prairies alluviales inondables abrite des milieux d’intérêt régional avec notamment:
- des prairies longuement inondables de l’alliance végétale de l’Oenanthion fistulosae
- des prairies moyennement inondables de l'alliance végétale du Bromion racemosi,
- des prairies rapidement ressuyées après les crues (alliance végétale de l’Arrhenatherion elatioris), habitat d’intérêt européen,
- des mégaphorbiaies avec le Pigamon jaune (Thalictrum flavum).
Un riche cortège d’espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF a été répertorié dans cet ensemble de milieux avec entre autres :
- la Renoncule à feuilles d'Ophioglosse (Ranunculus ophioglossifolius), plante exceptionnelle en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Violette élevée (Viola elatior), plante exceptionnelle en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Gratiole officinale (Gratiola officinalis), plante protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Orchis à fleurs lâches (Anacamptis laxiflora), orchidée inscrite au livre rouge de la flore menacée de France, protégée règlementairement,
- la Laîche à épi noir (Carex melanostachya), plante protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Euphorbe des marais (Euphorbia palustris), plante protégée réglementairement,
- l'Oenanthe à feuille de Silaüs (Oenanthe silaifolia), plante protégée réglementairement,
- la Fritillaire pintade (Fritillaria meleagris), plante menacée par la conversion des prairies en culture.
D’autres milieux remarquables sont présents comme la forêt alluviale à bois dur dans le lit majeur de la Seille, ou la forêt à bois tendre dans les fonds de vallons humides; ces deux types de boisements sont d’intérêt européen. Les pièces d’eau abritent également des habitats d’intérêt régional, avec des roselières, des cariçaies, ou encore des herbiers aquatiques.
Le val de Seille, du fait de la présence de ces différents milieux, présente un grand intérêt pour la reproduction, l’hivernage et la migration des oiseaux. Le Râle des genêts (Crex crex), oiseau nicheur d'intérêt européen extrêmement rare et menacé d’extinction en Bourgogne en raison de la disparition de son habitat de reproduction et de la fauche précoce des prairies, a niché sur le site jusqu’en 2001 au moins. Une observation a été réalisée en 2008 sans toutefois attester d’une nidification.
Parmi les autres oiseaux nicheurs en prairies présents sur le site, figurent :
- le Courlis cendré (Numenius arquata), oiseau limicole nicheur rare en Bourgogne,
- Tarier des prés (Saxicola rubetra).
D’autres oiseaux d’eau nichent sur le site comme par exemple :
- le Busard des roseaux (Circus aeruginosus), rapace diurne d’intérêt européen, nicheur très rare en Bourgogne,
- le Blongios nain (Ixobrychus minutus), échassier pêcheur d'intérêt européen, nicheur occasionnel en Bourgogne,
- le Bihoreau gris (Nycticorax nycticorax), échassier d'intérêt européen, nicheur rare en Bourgogne.
Certains oiseaux se regroupent en dortoirs afin de passer la période d’hivernage comme le Busard St-Martin (Circus cyaneus).
La vallée constitue en outre une zone de halte migratoire importante pour les oiseaux limicoles comme le Combattant varié (Tringa glareola), les canards comme le Canard pilet (Anas acuta) ou encore la Grue cendrée (Grus grus), échassier d’intérêt européen.
Le patrimoine naturel dépend impérativement du maintien d'un élevage extensif respectueux des milieux prairiaux, des haies et des cours d’eau, incluant notamment la mise en oeuvre de pratiques de fauche intégrant les cycles biologiques de la faune et de la flore présente. Il convient d'éviter au maximum la mise en culture des prairies ou encore la populiculture.
Le périmètre est délimité par le lit majeur de la Seille (secteurs inondés par les crues de la Seille) où l'on rencontre des zones humides (dont prairies inondables) hébergeant notamment un cortège d'espèces déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF.
