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Au cœur du Fossé bressan, le lit majeur du val de Saône est ici assez large. Le site englobe l’un des ensembles alluviaux bourguignons les mieux conservés. Prairies bocagères humides, boisements alluviaux, plans d’eau, lit et berges de la Saône, mais aussi par endroits peupleraies et parcelles cultivées se partagent l’espace.
La vallée de la Saône est d’intérêt régional pour ses nombreux milieux humides riches en faune (amphibiens, oiseaux, insectes) et en flore.
En bon état de conservation, l’ensemble des prairies alluviales inondables abrite plusieurs habitats d’intérêt régional avec :
- de la prairie longuement inondable de l’alliance végétale de l’Oenanthion fistulosae,
- de la prairie moyennement inondable de l'alliance végétale du Bromion racemosi,
- de la prairie rapidement ressuyée après les crues (alliance végétale de l’Arrhenatherion elatioris), habitat d’intérêt européen,
- de la mégaphorbiaie à Pigamon jaune (Thalictrum flavum), habitat d’intérêt européen,
- des petits secteurs de forêts alluviales, également d’intérêt européen.
Un riche cortège d’espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF a été répertorié dans les milieux prairiaux avec notamment :
- l'Ail anguleux (Allium angulosum), plante continentale rarissime en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Violette elevée (Viola elatior), plante exceptionnelle en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Gratiole officinale (Gratiola officinalis), plante protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Orchis à fleurs lâches (Anacamptis laxiflora), orchidée inscrite au livre rouge de la flore menacée de France et protégée règlementairement,
- la Scutellaire à feuilles hastées (Scutellaria hastifolia), plante très rare en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Laîche à épi noir (Carex melanostachya), plante protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Euphorbe des marais (Euphorbia palustris), plante protégée réglementairement,
- l'Oenanthe à feuille de Silaüs (Oenanthe silaifolia), espèce protégée réglementairement,
- l'Inule des fleuves (Inula britannica), plante inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Fritillaire pintade (Fritillaria meleagris), espèce menacée par la conversion des prairies en culture.
Les mares et bras morts de l'île Chaumette (de même que les mares avoisinantes) sont riches en herbiers aquatiques d’intérêt régional et abritent un grand nombre de plantes aquatiques et amphibies déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF comme :
- la Fougère d'eau à quatre feuilles (Marsilea quadrifolia), plante aquatique d'intérêt européen rarissime en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- le Faux-aloès (Stratiotes aloides), plante aquatique exceptionnelle en Bourgogne et protégée réglementairement,
- le Butome en ombelle (Butomus umbellatus), plante protégée réglementairement,
- l'Hydrocharis morène (Hydrocharis morsus-ranae), plante aquatique flottante rare en Bourgogne,
- le Crypside faux-vulpin (Crypsis alopecuroides), plante amphibie rarissime en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France.
Les prairies humides sont des milieux importants pour la faune, en particulier pour les oiseaux qui les fréquentent en migration et en période de nidification. Le Râle des genêts (Crex crex), oiseau nicheur d'intérêt européen, extrêmement rare et menacé d’extinction en Bourgogne en raison de la disparition de son habitat de reproduction et de la fauche précoce des prairies, niche dans ce secteur qui reste l'un des très rares en Bourgogne où il est encore présent. Nichent également en prairies :
- le Courlis cendré (Numenius arquata), oiseau limicole nicheur rare en Bourgogne,
- le Tarier des prés (Saxicola rubetra).
Le bocage encore bien conservé est favorable à la reproduction d'oiseaux caractéristiques comme :
- la Chevêche d'Athéna (Athene noctua), rapace nocturne menacé par la disparition du bocage car il a besoin de vieux arbres en contexte ouvert pour nidifier,
- le Petit-duc Scops (Otus scops), hibou nicheur rare en Bourgogne.
Quant aux zones palustres, elles accueillent de nombreux oiseaux d’eau en période de reproduction; c'est notamment le cas du Busard des roseaux (Circus aeruginosus), rapace diurne d’intérêt européen, nicheur très rare en Bourgogne,
La confluence Saône-Grosne est une halte migratoire importante pour de nombreuses espèces d’oiseaux limicoles, de canards et d’échassier comme la Grue cendrée (Grus grus), oiseau d’intérêt européen.
Concernant les autres taxons de faune, il est à mentionner :
- le Cuivré des marais (Lycaena dispar), un petit papillon protégé réglementairement qui vit dans les prairies de la ZNIEFF.
- le Crapaud calamite (Bufo calamita) et la Rainette verte (Hyla arborea), deux amphibiens protégés réglementairement qui se reproduisent dans les mares prairiales et les bras morts du site.
Enfin, les cours d’eau de deuxième catégorie piscicole accueillent des peuplements de poissons déterminants pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- la Bouvière (Rhodeus amaraus), poisson d’intérêt européen,
- la Vandoise (Leuciscus leuciscus),
- la Lotte de rivière (Lota lota),
- le Brochet (Esox lucius).
Ces milieux sont toutefois menacés : développement de zones urbaines et d'infrastructures (avec leurs corollaire en terme de nuisances [pollutions]), cultures de maïs et de peupliers, etc.
Le patrimoine naturel dépend impérativement du maintien d'un élevage extensif respectueux des milieux prairiaux, des haies et des cours d’eau avec notamment la mise en œuvre de pratiques de fauche intégrant les cycles biologiques de la faune et de la flore présente.
Complexe alluvial inondable s'étendant des abords de la Saône du sud de Chalon, à la confluence de la Grosne. La majorité de la plaine alluviale est constituée de prairies humides. Le bras mort de l'île Chaumette est un ancien méandre de la Saône.
