Au cœur du Gâtinais, sur les formations argileuses et sableuses du Tertiaire, le site comprend un réseau d’étangs inséré dans un contexte boisé, bordé au sud par l’autoroute A10.
Le site est d’intérêt régional pour ses habitats humides avec les espèces de faune et de flore qui y sont inféodées.
L'étang aval, l'étang de la Folie et l'étang de Grilland présentent les ceintures de végétation les plus développées et intéressantes avec :
- des herbiers flottants libres à lentilles d'eau,
- des herbiers aquatiques enracinés à potamots, d’intérêt régional,
- des herbiers aquatiques à nénuphars, d’intérêt régional,
- des végétations amphibies annuelles des grèves exondées, d’intérêt européen,
- des roselières à phragmites (Phragmites australis),
- des cariçaies à grandes laîches (Carex sp.),
- de la chênaie pédonculée acide ouverte à Molinie bleue (Molinia caerulea), très originale, d’intérêt européen,
- de la saulaie basse à Saule cendré (Salix cinerea) et à Saule à oreillette (Salix aurita),
- de la chênaie sur terrains acides,
- chênaie-charmaie sur sols peu acides, localement humides et dans ce cas d’intérêt régional,
- aulnaie-frênaie dans les zones plus humides, d’intérêt européen.
Des espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF y ont été répertoriées, notamment :
- le Rubanier nain (Sparganium natans), plante amphibie des eaux acides, exceptionnelle en Bourgogne,
- le Scirpe à plusieurs tiges (Eleocharis multicaulis), plante amphibie très rare en Bourgogne, en limite est de son aire de répartition,
- la Laîche tardive (Carex viridula), plante amphibie rare en Bourgogne.
Si l'étang de Pierre Aigue est très artificialisé, les autres étangs disposent de ceintures de végétation herbacées réduites voir dépérissantes. La mauvaise qualité des eaux est probablement liée aux rejets issus du golf et de l'A6. Des vases analysées par un propriétaire contiendraient de grandes quantités de plombs et autres métaux lourds susceptibles de dégrader ces habitats à fort potentiel pour la biodiversité.
Le patrimoine naturel dépend :
- d'une gestion douce des plans d'eau, respectueuse des herbiers aquatiques et des ceintures de végétation, privilégiant notamment des berges sans enrochements ainsi qu'une limitation quant à l'usage d'engrais;
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes (lisières, layons, etc.);
- de la mise en place de mesures limitant l'impact des pollutions engendrées par l’autoroute et le golf sur les étangs.
Le périmètre est délimité par une série d'étangs situés en contexte forestier au nord de l'autoroute A6, et connectés entre eux par des zones humides.