Au cœur de la Puisaye, les terrains argilosableux du tertiaire et du Crétacé, souvent humides, sont occupés par des prairies bocagères, des massifs forestiers feuillus, un réseau d’étangs, des petits milieux tourbeux, et des zones cultivées. La ZNIEFF « ETANGS, BOCAGE, LANDES ET FORETS DE PUISAYE AU SUD DU LOING » est d’intérêt régional pour ses divers habitats et les espèces animales et végétales inféodées à ces milieux.
1) Plusieurs étangs dont le niveau d’eau baisse en été accueillent des successions végétales variées avec :
- des herbiers aquatiques de plans d’eau, d’intérêt régional à européen,
- des végétations amphibies vivaces des grèves sableuses exondées, d’intérêt européen,
- divers types de cariçaies et de roselières,
- des saulaies marécageuses.
De nombreuses espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF ont été notées en étang avec par exemple :
- la Rousserolle turdoïde (Acrocephalus arundinaceus), passereau aquatique nicheur rare en Bourgogne,
- la Boulette d'eau (Pilularia globulifera), fougère amphibie rarissime en Bourgogne, inscrite au livre rouge de la flore menacée de France et protégée réglementairement,
- la Cicendie naine (Exaculum pusillum), plante pionnière des substrats humides et acides, exceptionnelle en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France.
2) Dans les vallons bien alimentés en eau toute l’année se développent une grande variété de biotopes dont :
- de la prairie humide à Molinie bleue (Molinia caerulea), sur sols paratourbeux , d’intérêt européen,
- de la boulaie tourbeuse à sphaignes, d’intérêt européen,
- de la lande humide, d’intérêt européen,
- du bas-marais acide, d’intérêt régional,
- de l'aulnaie marécageuse, d’intérêt régional.
Les zones tourbeuses abritent diverses espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec par exemple :
- le Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia), plante carnivore rare en Bourgogne, inscrite au livre rouge de la flore menacée de France et protégée réglementairement,
- l'Osmonde royale (Osmunda regalis), fougère des boisements humides, très rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Bruyère à quatre angles (Erica tetralix), sous-arbrisseau des landes humides, protégé réglementairement, rarissime en Bourgogne et en limite est de son aire de répartition.
3) En fonction de l’acidité et du degré d’humidité du sol, plusieurs types de boisements et de milieux ouverts associés se distinguent avec :
- de la hêtraie pure et de la hêtraie-chênaie à Houx (Ilex aquifolium) sur sols très acides, d’intérêt européen,
- de la chênaie pédonculée à Molinie bleue (Molinia caerulea) sur sols humides et acides, d’intérêt européen,
- de la chênaie à Peucédan de France (Peucedanum gallicum) sur podzol, d’intérêt européen,
- de la ripisylve d’aulnes et de frênes, d’intérêt européen, aux abords des petits cours d’eau,
- de la chênaie-charmaie sur sols peu acides et humides, d’intérêt régional,
- de la lande atlantique, d’intérêt européen,
- de l'ourlet herbacé, d’intérêt régional.
Y ont été recensées les plantes déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF suivantes :
- la Bruyère cendrée (Erica cinerea), sous-arbrisseau des landes sèches, protégé réglementairement, rare en Bourgogne et en limite est de son aire de répartition,
- le Peucédan de France (Peucedanum gallicum), plante des lisière forestière, rare en Bourgogne et en limite est de son aire de répartition.
4) Le réseau des mares forestières et prairiales est quant à lui riche en amphibiens déterminants pour l’inventaire ZNIEFF avec par exemple :
- le Triton crêté (Triturus cristatus), amphibien d'intérêt européen en régression en Bourgogne du fait de la disparition des mares et de la mise en culture des terres engendrant la déconnexion de ses populations, noté aussi dans les mares prairiale,
- le Triton marbré (Triturus marmoratus), amphibien en limite nord est de son aire de répartition et très localisé en Bourgogn; ses habitats (mardelles à sphaignes) sont en forte régression.
5) Le milieu prairial bocager comprend lui aussi des habitats d'intérêt régional, comme :
- la prairie de fauche à Fromental élevé (Arrhenatherum elatius), d’intérêt européen,
- la prairie maigre acide à espèces vivaces (fétuques, agrostis), d’intérêt européen,
- les ourlets humides à hautes herbes, d’intérêt européen,
- la prairie humide à Jonc à tépales éaigus (Juncus acutiflorus), d’intérêt régional,
- la végétation amphibie des bordures de cours d’eau, d’intérêt régional.
6) Enfin, plusieurs chauves-souris déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF présentent des colonies de reproduction en bâtiments, à l'image du Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), d'intérêt européen. Elles utilisent les différents milieux (prairies bocagères, bordures boisées, limite étang/forêt) pour se déplacer et s’alimenter.
Ce patrimoine dépend :
- d’un élevage extensif, respectueux des friches, des milieux prairiaux, des plans d'eau, et du réseau de haies,
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes (clairières, layons, cours d'eau et mares).
- d'une gestion douce des plans d'eau, respectueuse des herbiers aquatiques et des ceintures de végétation.
Les tourbières et marais sont susceptibles de se boiser et de perdre leur intérêt pour la faune et la flore des milieux ouverts humides. Une restauration (débroussaillage) et un entretien (pâturage, fauche) permettraient de contrecarrer cette évolution.
Le périmètre est délimité par l'ensemble de la région humide et boisée de Puisaye au sud du Loing; elle est composée de nombreux étangs, de secteurs forestiers et bocagers, ainsi que de zones relictuelles de landes (Gatînes). Elle se poursuit sur le département du Loiret mais son périmètre suit la limite régionale. Ces secteurs sont riches en habitats en faune et en flore d’intérêt régional.