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Au cœur de la Puisaye, sur les terrains argileux humides d’âge tertiaire, le site comprend deux étangs et un ensemble forestier.
L'étang de la Trée se caractérise par une faible profondeur d'eau libre sur la majeure partie de sa superficie, couplée à un ensoleillement optimal. Ces deux facteurs conjugués permettent le développement d'une végétation aquatique et hygrophile particulièrement dense. Ses berges en pentes douces sont colonisées par une végétation typique de la région, avec :
- des végétations pionnières annuelles des berges exondées, d’intérêt européen,
- des végétations pionnières pérennes des berges exondées, d’intérêt européen,
- des herbiers aquatiques à Utriculaire (Utricularia sp.), d'intérêt régional,
- des herbiers aquatiques flottants à Potamot nageant (Potamogeton natans) ou Nénuphar jaune (Nuphar lutea), d’intérêt régional,
- une petite roselière à Rubanier émergé (Sparganium emersum), d’intérêt régional,
- une grande cariçaie à Laîche vésiculeuse (Carex vesicaria),d’intérêt régional.
Dans ces habitats ont été répertoriées des espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF, dont :
- le Flûteau fausse-renoncule (Baldellia ranunculoides), plante amphibie exceptionnelle en Bourgogne, protégée réglementairement,
- le Scirpe flottant (Isolepis fluitans), plante aquatique exceptionnelle en Bourgogne et protégée réglementairement,
- l'Hottonie des marais (Hottonia palustris), plante aquatique très rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
Le site constitue par ailleurs une zone de reproduction pour la Rainette verte (Hyla arborea), amphibien protégé réglementairement en régression dans plusieurs régions de Bourgogne du fait de la conversion des prairies en culture et de la destruction des mares et autres zones humides.
Ce patrimoine dépend d'une gestion douce des plans d'eau, respectueuse des herbiers aquatiques et des ceintures de végétation, privilégiant notamment des berges sans enrochements ainsi qu'une limitation des engrais.
Le périmètre est délimité par l'étang de la Trée et ses bordures forestières.
