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Au sein de la partie avalonnaise des Plateaux de Bourgogne, le territoire comprend des plateaux calcaires d'âge jurassique couverts de massifs forestiers. Le Serein, seule zone aquatique du site, a creusé des méandres étroits et encaissés dans les plateaux de calcaires qui ne sont ponctué d'aucune hydrographie de surface.
Ce site est d’intérêt régional pour ses friches calcaires, son cours d'eau et ses massifs forestiers, et les nombreuses espèces végétales et animales inféodées.
1) Différents milieux ouverts sur calcaires secs caractérisent ce site et dénotent une ambiance méridionale avec :
- différents types de pelouses sur terrains calcaires, d'intérêt européen,
- des ourlets herbacés, d'intérêt régional,
- des prairies de fauche sèches, d’intérêt européen,
- des landes à Genévrier (Juniperus communis), d’intérêt européen,
- des végétations des fentes de rochers calcaires, d’intérêt européen.
Une grande diversité de plantes, de papillons et de reptiles déterminants pour l'inventaire ZNIEFF ont été répertoriées dans ces milieux secs avec par notamment:
- la Gentianelle ciliée (Gentianopsis ciliata), plante des pelouses sèches rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Gentiane croisette (Gentiana cruciata), plante des pelouses sèches, rarissime en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Zygène du Sainfoin (Zygaena carniolica), papillon des pelouses sèches, rare en Bourgogne et menacé par la régression de son habitat,
- le Damier de la Succise (Euphydryas aurinia), papillon des prairies humides et sèches, d'intérêt européen et inscrit au livre rouge de la faune menacée de France.
- la Couleuvre verte et jaune (Hierophis viridiflavus), reptile des milieux chauds, protégé réglementairement,
- le Lézard vert (Lacerta bilineata), reptile protégé réglementairement, proche de la limite nord de son aire de répartition.
2) Les milieux boisés, relativement homogènes, sont composés de chênaie-charmaie sur sols calcaires avec localement des boisements sur éboulis. La Dentaire pennée (Cardamine heptaphylla), plante forestière rare en Bourgogne, et le Cynoglosse d'Allemagne (Cynoglossum germanicum), plante des ourlets, très rare en Bourgogne et inscrite au livre rouge de la Flore menacée de France, ont été répertoriées dans les éboulis boisés.
3) Le Serein, encore encadré de prairies bocagères, accueille une faune piscicole déterminante pour l’inventaire ZNIEFF avec par exemple :
- la Lamproie de Planer (Lampetra planeri) et le Chabot (Cottus gobio), poissons d’intérêt européen indicateurs d’une bonne qualité d’eau,
- la Loche de rivière (Cobitis taenia), poisson d'intérêt européen,
- la Vandoise (Leuciscus leuciscus).
4) Enfin, Les friches calcaires, les forêts feuillues, et les zones humides de fond de vallée constituent des sites de reproduction et d’alimentation pour d'autres espèces animales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF comme :
- le Faucon hobereau (Falco subbuteo), rapace diurne,
- l'Alyte accoucheur (Alytes obstetricans), crapaud protégé réglementairement, en déclin en France,
- le Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) chauve-souris qui présente une colonie de mise bas en bâtiment et qui hiverne également sur le site, en milieu souterrain.
Ce patrimoine dépend :
- d’une agriculture et d'un élevage extensifs respectueux des haies, des milieux prairiaux, des cours d'eau, des mares et des zones humides,
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes (clairières, layons, cours d'eau, coupes et lisières).
Il convient de maintenir le régime hydraulique des cours d'eau, sans seuils ni enrochement des berges et en respectant les ripisylves.
Les pelouses sont susceptibles de se boiser et de perdre leur intérêt pour la faune et la flore des milieux ouverts. Une restauration (débroussaillage) et un entretien (pâturage, fauche) permettraient de contrecarrer cette évolution. Il convient de ne pas planter davantage de pelouses en vignes ou en résineux.
Périmètre délimité par un secteur de plateaux forestiers calcaires encadrant la Vallée du Serein; la zone englobe des zones de grand intérêt écologique.
