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Les deux marais concernés (Cônois et Fontaine-Martin) forment une entité où est présente la plupart des groupements végétaux typiques des marais tufeux du Châtillonnais. Les différents stades dynamiques de ce type de biotope offrent ici un bon état de conservation avec :
- le stade pionnier des bas-marais avec faciès à Choin ferrugineux (Schoenus ferrugineus) et faciès à Choin intermediaire (Schoenus x intermedius) qui est l'hybride entre le précédent et le Choin noir (Schoenus nigricans) ;
- le bas-marais à Linaigrette à larges feuilles (Eriophorum latifolium) et Laîche écailleuse (Carex lepidocarpa) qui forme l'association végétale dite Eriophoro latifolii - Caricetum lepidocarpae ;
- le stade dynamique avec faciès à Roseau ou Phragmite commun (Phragmites australis) ;
- la prairie hygrophile plus riche à Jonc subnoduleux (Juncus subnodulosus) à rattacher à l’alliance végétale du Caricion davallianae) ;
- la prairie maigre hygrophile à Molinie bleue (Molinia caerulea).
Tous ces habitats sont d'intérêt européen.
Cet ensemble de micro-milieux est favorable au développement d’un grand nombre d’espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec notamment :
- la Gentiane pneumonanthe (Gentiana pneumonanthe), plante des prairies humides et des marais, rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- l'Epipactis des marais (Epipactis palustris), orchidée des marais, rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- le Choin ferrugineux (Schoenus ferrugineus), plante des marais, très rare en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au Livre rouge de la flore menacée de France,
- le Choin intermédiaire (Schoenus x intermedius = hybride entre S. ferrugineus et S. nigricans) et le Choin noirâtre (Schoenus nigricans)
- la Swertie pérenne (Swertia perennis), plante montagnarde des marais, rarissime en Bourgogne et protégé réglementairement,
- l'Orchis incarnat (Dactylorhiza incarnata), orchidée des prairies et des marais, très rare en Bourgogne et protégée réglementairement, en régression suite à la disparition des prairies humides.
- le Saule rampant (Salix repens), arbrisseau exceptionnel en Bourgogne des milieux tourbeux.
Des espèces remarquables d’amphibiens pionniers comme le Sonneur à ventre jaune (Bombina variegata), crapaud d’intérêt européen, ont également été observées au niveau des marais.
Les boisements du site présentent aussi des habitats d'intérêt européen avec :
- de la hêtraie sur sols riches en calcaires,
- des ripisylves d’aulnes et de frênes.
Au contact des milieux ouverts prairiaux et forestiers, ce patrimoine dépend étroitement de pratiques extensives d’élevage, et d'une gestion forestière adaptée aux conditions stationnelles, privilégiant des peuplements forestiers feuillus et conservant les zones humides. Les marais sont susceptibles de se boiser et de perdre leur intérêt pour la faune et la flore des milieux tourbeux ouverts; un débroussaillage suivi d’un pâturage ou d'une fauche permettraient de contrecarrer cette évolution. Il convient enfin d'éviter de perturber le fonctionnement hydrologique des marais (drainage, création de nouveaux plans d’eau, plantations de peupliers).
Périmètre délimité par les zones de marais tufeux.
