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Au sein d'un plateau forestier et cultivé de l'est du Plateau châtillonnais, la vallée de l'Aubette et les combes associées accueillent des milieux et des espèces à forte valeur patrimoniale.
1/ En situation de fond de vallon, le marais de la Gorgeotte est dans un bon état de conservation ; constamment engorgé, il présente de nombreux milieux humides liés au ruisseau et aux formations tufeuses alimentées par les zones de résurgence des versants. Ces biotopes abritent des espèces déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF comme:
- la Swertie pérenne (Swertia perennis), plante montagnarde des marais, rarissime en Bourgogne et protégé réglementairement,
- l'Orchis incarnat (Dactylorhiza incarnata), orchidée des prairies et des marais, très rare en Bourgogne et protégée réglementairement, en régression suite à la disparition des prairies humides,
- le Choin ferrugineux (Schoenus ferrugineus), plante des marais, très rare en Bourgogne, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Epipactis des marais (Epipactis palustris), orchidée des marais, rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Gentiane pneumonanthe (Gentiana pneumonanthe), plante des prairies humides et des marais, rare en Bourgogne et protégée réglementairement.
2/ Des prairies de fond de vallée fauchées et établies sur sols peu humides sont caractérisées par des espèces déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF parmi lesquelles:
- la Narcisse des poètes (Narcissus poeticus), plante prairiale rarissime en Bourgogne et protégée réglementairement,
- la Sanguisorbe officinale (Sanguisorba officinalis), plante des prairies, rare en Bourgogne.
3/ Sur les versants, les lisières et les friches hébergent eux aussi des plantes remarquables, à l'image de la Gentiane croisette (Gentiana cruciata), plante de pelouses sèches rarissime en Bourgogne et protégée réglementairement.
4/ Enfin, deux colonies de mise-bas de chauves-souris en bâtiments ont été recensées, l'une dans le bourg de Lignerolles et l'autre dans une maison forestière. Il s'agit du Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), espèce d'intérêt européen. Les territoires de chasse se composent de prairies de fond de vallée maillées de lisières, de ripisylves, de haies et de bordures boisées.
Le patrimoine naturel dépend :
- du maintien d'un élevage extensif respectueux des milieux prairiaux, des cours d'eau et des zones humides en contexte prairial,
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes (marais tufeux, clairières, layons, cours d'eau et coupes).
Délimitation d'un tronçon de vallée de l'Aubette pour ses secteurs prairiaux remarquables; les terrains de chasse favorables (prés, haies, bois de plateau) aux jeunes chauves-souris autours des gîtes de mise-bas sont inclus.
