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L’étang de Villers Rotin fait partie des nombreux étangs qui ponctuent la plaine de Saône, par ailleurs dominée par les cultures et les massifs forestiers.
L'intérêt de ce site est principalement ornithologique. La proximité de la Saône permet à de nombreux oiseaux de fréquenter ce site comme lieu de nourrissage, de reproduction et d'hivernage. En passage, il est possible d'y observer de nombreux Ardéidés d’intérêt européen comme le Bihoreau gris (Nycticorax nycticorax), le Héron pourpré (Ardea purpurea) ou l'Aigrette garzette (Egretta garzetta).
Une vaste roselière de plus d'un hectare permet la nidification du Blongios nain (Ixobrychus minutus), mais aussi de petits passereaux aquatiques comme la Rousserolle turdoïde (Acrocephalus arundinaceus), espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF et nicheuses rares en Bourgogne.
Le site a fait l'objet d'un Arrêté préfectoral de Protection de Biotope pour l'intérêt de son patrimoine naturel.
Un remodelage des berges y a été réalisé afin de favoriser les ceintures de végétation et l'avifaune associée. Une zone cultivée en périphérie immédiate de l'étang a été remise en prairie puis pâturée par des chevaux Konik polski.
Cette ZNIEFF englobe l'étang, situé entre Villers-Rotin et Auxonne (21), ainsi que les milieux environnants. Les limites s'appuient sur les éléments remarquables du terrain (courbes de niveau, lisière forestière, chemins).
