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Le site occupe un tronçon du val d’Allier. Des grèves sableuses y alternent avec des méandres abandonnés, des portions de forêts riveraines et des îlots de graviers régulièrement remaniés. Le cours d’eau, très dynamique, est caractérisé ici par une large bande de divagation et des successions de zones d’érosions et de zones de dépôts d’alluvions, facteurs de biotopes variés. Les bras morts et leurs abords présentent différents types d’habitats humides : boires, mares, ripisylves, roselières, caricaies, prairies inondables, etc. Cet ensemble est encadré par un système prairial bocager comportant des secteurs cultivés ou plantés en peupliers.
Ce site est d’intérêt régional pour les habitats alluviaux, sa faune et sa flore.
Le cours du fleuve et ses abords présentent divers habitats avec :
- des herbiers aquatiques des cours d’eau, d’intérêt européen,
- des végétations sur dépôts sableux, d’intérêt régional,
- des végétations sur dépôts limoneux, d’intérêt européen,
- des saulaies pionnières riveraines,
- des herbiers aquatiques des plans d’eau, d’intérêt européen,
- des végétations amphibies des berges exondées des plans d’eau, d’intérêt européen,
- des prairies humides inondables,
- des mégaphorbiaies, d’intérêt européen,
- des prairies de fauche, d’intérêt européen,
- des forêts alluviales de frênes, d'ormes et de saules blancs, d’intérêt européen.
Le site est riche en espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- la Pulicaire vulgaire (Pulicaria vulgaris), plante protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Hottonie des marais (Hottonia palustris), plante aquatique très rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- l'Oenanthe à feuilles de silaüs (Oenanthe silaifolia), plante protégée réglementairement,
- l'Utriculaire citrine (Utricularia australis), plante carnivore aquatique rare et localisée en Bourgogne,
- le Butome en ombelle (Butomus umbellatus), plante protégée réglementairement,
- l'Oseille à oreillettes (Rumex thyrsiflorus), espèce exceptionnelle en Bourgogne,
- la Vesce printanière (Vicia lathyroides), plante annuelle naine rare et localisée en Bourgogne,
Les berges sableuses exondées constituent des sites de nidification pour la Sterne pierregarin (Sterna hirundo) et la Sterne naine (Sternula albifrons), deux oiseaux d’eau d’intérêt européen, nicheurs rare à très rare en Bourgogne, sensibles au dérangement sur leurs sites de reproduction (bancs de graviers) et aux modifications du régime fluvial. L’Allier et ses proches abords accueillent également :
- la Cicogne blanche (Ciconia ciconia), échassier d'intérêt européen, considéré comme nicheur très rare en Bourgogne,
- le Bihoreau gris (Nycticorax nycticorax), échassier d'intérêt européen nicheur rare en Bourgogne,
- l'Oedicnème criard (Burhinus oedicnemus), oiseau d’intérêt européen,
- l'Hirondelle de rivage (Riparia riparia), oiseau rupicole assez rare en Bourgogne,
- le Chevalier guignette (Actitis hypoleucos), limicole nicheur rare en Bourgogne,
- le Guêpier d’Europe (Merops apiaster).
D’autres espèces nidifient préférentiellement dans le système prairial bocager, comme:
- la Chevêche d'Athéna (Athene noctua), rapace nocturne menacé par la disparition du bocage; il a besoin de vieux arbres pour nidifier,
- le Milan royal (Milvus milvus), rapace diurne nicheur très rare en Bourgogne, d’intérêt européen,
- la Pie-grièche écorcheur (Lanius collurio), passereau chasseur d’insectes, d’intérêt européen,
- l'Alouette lulu (Lullula arborea), passereau d’intérêt européen,
- la Huppe fasciée (Upupa epops),
C’est aussi un important site d'hivernage et de halte migratoire pour les oiseaux limicoles, les anatidés et également les échassiers comme la Grue cendrée (Grus grus), échassier d’intérêt européen.
Au niveau des berges du fleuve, un cortège d’insectes déterminants pour l’inventaire ZNIEFF a été répertorié avec entre autres :
- le Gomphe à pattes jaunes (Gomphus flavipes) et le Gomphe serpentin (Ophiogomphus cecilia), deux libellules d’intérêt européen,
- le Gomphe semblable (Gomphus simillimus).
Le fleuve constitue également un corridor écologique pour les poissons migrateurs comme la Lamproie marine (Petromyzon marinus), l’Alose (Alosa alosa) et le Saumon de l’Atlantique (Salmo salar), trois poissons d’intérêt européen, sensibles aux pollutions et aux dégradations du lit des cours d'eau (ouvrage d'arts, extractions de matériaux).
Enfin, le Castor (Castor fiber), mammifère d’intérêt européen, est bien implanté sur l’Allier.
Ce patrimoine dépend essentiellement du maintien de la dynamique naturelle du cours d’eau. Les extractions de matériaux, la création de digues et le remblaiement sont néfastes pour les enjeux de biodiversité. Une agriculture extensive (pâturage extensif, absence de retournement des prairies) est également importante.
Il convient d'éviter l'extension des zones cultivées ainsi que la plantation de peupliers.
Périmètre essentiellement délimité par le lit majeur alluvionnaire de l'Allier sur sa partie bourguignonne. Quelques secteurs de bocage sur formations du Bourbonnais en arrière du lit majeur, riche en sites de nidification d'oiseaux, ont été inclus. Le tronçon est délimité par le pont des lorrains en aval et le pont du Veurdre en amont.
