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La vallée du Cousin traverse le nord-est du Haut-Morvan granitique, au sein d'un paysage vallonné où alternent massifs boisés en feuillus ou résineux et secteurs bocagers. Le site offre une grande variété de milieux, organisés autour d’un réseau hydrographique dense et comprenant plans d’eau, cours d’eau, prairies humides et tourbières de fond de vallée.
La vallée du Cousin amont prend en compte les principaux milieux humides caractéristiques du Haut-Morvan et présente un intérêt patrimonial de niveau régional. Cette zone, d’une altitude de 530 à 630 m, est caractérisée par des espèces végétales et animales témoignant d'influences climatiques différentes :
- montagnardes avec l'Arnica des montagnes (Arnica montana),
- boréales avec la Canneberge (Vaccinium oxycoccos) ou la Cordulie arctique (Somatochlora arctica),
- atlantiques avec la Campanile à feuilles de lierre (Wahlenbergia hederacea).
Les étangs sont riches en habitats remarquables, tels que les berges exondées, les radeaux tourbeux et les herbiers aquatiques des eaux acides. Ils accueillent de nombreuses espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF :
- Myriophylle à fleurs alternes (Myriophyllum alterniflorum), plante aquatique protégée réglementairement,
- Millepertuis des marais (Hypericum elodes), plante aquatique protégée réglementairement,
- Fluteau nageant (Luronium natans), plante aquatique d’intérêt européen, exceptionnelle en Bourgogne,
- Elatine à six étamines (Elatine hexandra), plante amphibie protégée réglementairement,
- Littorelle des étangs (Littorella uniflora), plante amphibie protégée réglementairement,
- Trèfle d’eau (Menyanthes trifoliata), espèce boréale des radeaux tourbeux, présentant ici des populations remarquables,
- Gomphe serpentin (Ophiogomphus cecilia), libellule d’intérêt européen,
- Sympetrum noir (Sympetrum danae), libellule des queues tourbeuses d’étangs, menacée par la destruction de son habitat,
- Cordulie à deux taches (Epitheca bimaculata), libellule très rare en Bourgogne.
Les cours d’eau, acides et pauvres en éléments nutritifs, et leurs abords, présentent des habitats d’intérêt communautaire (herbiers aquatiques, ripisylves, mégaphorbiaies). Y ont été répertoriés :
- Scirpe flottant (Isolepis fluitans = Eleogiton fluitans), plante aquatique protégée réglementairement,
- Moule perlière (Margaritifera margaritifera), mollusque d’intérêt européen, menacé en France par la dégradation de la qualité de l’eau,
- Cincle plongeur (Cinclus cinclus), oiseau pêcheur qui se reproduit et se nourrit au niveau des cours d’eau,
- Chabot (Cottus gobio), poisson d’intérêt européen.
Au fond des vallons et vallées, alimentés par de nombreuses sources latérales, s'expriment des habitats à forte valeur patrimoniale tels que les prairies tourbeuses, les tourbières et les bois tourbeux (boulaies sur tourbe, aulnaies marécageuses), abritant des espèces remarquables :
- Cordulie arctique (Somatochlora arctica) et Cordulie à tâches jaunes (Somatochlora flavomaculata), deux libellules très rares en Bourgogne et menacées par la destruction des tourbières,
- Bécassine des marais (Gallinago gallinago), oiseau nicheur en zones humides devenu occasionnel en Bourgogne. Ce secteur de la vallée du Cousin constitue aujourd'hui l'unique site de reproduction connu à ce jour pour cette espèce, en régression sur toute la France suite à la dégradation de ses habitats de nidification.
- Pipit farlouse (Anthus pratensis), passereau nicheur assez rare en Bourgogne,
- Lézard vivipare (Zooteca vivipara), reptile rare en Bourgogne,
- Nacré de la bistorte (Boloria eunomia), papillon qui présente un isolat de population dans la partie centrale du Morvan,
- Cuivré écarlate (Lycaena hippothoe), papillon des zones marécageuses en forte régression,
- Arnica des montagnes (Arnica montana), plante montagnarde absente en dessous de 500 m d’altitude en Bourgogne, protégée réglementairement,
- Rossolis intermédiaire (Drosera intermedia) et Rossolis à feuilles rondes (Drosera rotundifolia), plantes carnivores protégées réglementairement,
- Canneberge (Vaccinium oxycoccos), plante protégée réglementairement,
- Campanille à feuilles de lierre (Wahlenbergia hederacea), plante protégée réglementairement,
- Linaigrette en étuis (Eriophorum vaginatum), plante boréale protégée réglementairement,
- Prêle sylvatique (Equisetum sylvaticum), plante protégée réglementairement,
- Osmonde royale (Osmunda regalis), fougère des bois humides, protégée réglementairement.
Ce patrimoine naturel dépend :
- du maintien de pratiques d’élevage extensif, gage de la préservation des milieux tourbeux et des cours d’eau,
- de pratiques forestières respectueuses des cours d’eau et zones tourbeuses intraforestières,
- d’une gestion conservatoire et/ou contractuelle pour les joyaux naturalistes tels que les tourbières,
- d’une gestion extensive des plans d’eau, respectueuse des ceintures de végétation.
Il convient d'éviter :
- de faire des aménagements en zones humides,
- d'étendre les plantations résineuses (exigeantes en eau), et en particulier de convertir les prairies en cultures de sapin de Noël,
- de drainer et d'intensifier les prairies humides.
Le périmètre est délimité par :
- les têtes de bassin, les versants et autres territoires liés, sur des critères fonctionnels de préservation de la qualité des milieux aquatiques,
- les tourbières, prairies paratourbeuses, forêts riveraines et bois marécageux et tourbeux.
