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Au sein d'un paysage de collines situé au contact du plateau de l'Avallonnais et du bassin de la Terre-Plaine, persiste un environnement agricole diversifié, ponctués de prés, de petites parcelles cultivées, de bosquets et de secteurs boisés.
Ce site est d’intérêt régional pour sa faune bocagère et pour ses divers habitats.
Des colonies de mise-bas en bâtiments de chauves-souris d'intérêt européen ont été observées dans le Bourg de Sainte-Colombe. Il y a notamment une important colonie de Grand Murin (Myotis myotis), avec plus de 1000 individus certaines années, ainsi qu'une colonie de petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros).
Leurs territoires de chasse potentiels comprennent des prairies bocagères, des haies et des bordures boisées.
Le bocage est également utilisé par plusieurs espèces d'oiseaux comme la Huppe fasciée (Upupa epops) et la Chevêche d'Athéna (Athene noctua), rapace nocturne menacé par la disparition du bocage et notamment des vieux arbres qu'elle utilise préférentiellement pour nidifier.
Les prairies, majoritairement pâturées, jouent un rôle important dans la reproduction de la Rainette arboricole (Hyla arborea), espèce déterminante pour l'inventaire ZNIEFF. Son habitat vital est constitué d'un réseau de mares prairiales pour la reproduction, et de haies et petits bois pour l'hivernage.
Les prairies de fauche et les petits secteurs de pelouses calcicoles sont des habitats d'intérêt européen. Les pelouses et les lisières sèches hébergent plusieurs espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec notamment la Céphalanthère à longues feuilles (Cephalanthera longifolia) et la Céphalanthère rouge (Cephalanthera rubra), deux orchidées des boisements et des pelouses sèches, rares en Bourgogne.
Les vases fluviatiles du Serein, habitat d’intérêt régional, abritent quant à eux le Butome en ombelle (Butomus umbellatus), plante protégée réglementairement.
Un élevage extensif, gage de maintien des linéaires de haies, des mares, des cours d’eau et des prairies est un des facteurs de conservation de ce patrimoine naturel. Il convient de ne pas retourner les prairies et de préserver leur fonctionnement hydrologique naturel.
Périmètre délimité par les terrains de chasse des jeunes chauves-souris autour des gîtes de mise-bas, mais aussi par les zones de reproduction des oiseaux et leurs domaines vitaux (alimentation), sans oublier les habitats de reproduction et les habitats vitaux (hivernage) des amphibiens ainsi que les habitats d'espèces végétales.
