Dans la partie est des plateaux calcaires de la Montagne châtillonnaise, les mines de Cussey-les-Forges s'ouvrent sur le flanc d’un côteau calcaire datant du Jurassique.
Les anciennes mines accueillent d'importantes populations en hibernation de chauves-souris d’intérêt européen, dont :
- le Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), pour lequel c’est le 3ème site régional en terme d'effectifs d'individus hivernants,
- le Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum), présent en effectifs importants
- la Barbastelle (Barbastella barbastellus),
- le Grand Murin (Myotis myotis),
- le Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus).
Ce patrimoine est particulièrement sensible au dérangement en période hivernale.
Sa préservation passe également par une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes (clairières, layons, coupes).
Périmètre comprenant le développement des cavités et les terrains de chasse à proximités des entrées.