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La Seine et le val de Duesme marque la transition entre les espaces cultivés intensivement des plateaux de Bourgogne et la Montagne châtillonnaise, nettement plus boisée. Le site présente une mosaïque paysagère diversifiée : rebord de plateaux et versants boisés, prairies, haies et linéaires boisés bordant la Seine. Cet ensemble accueille des espèces animales et végétales remarquables.
La diversité et la qualité du paysage sont favorables aux chauves-souris. Il est notamment indiqué la présence d'un complexe de sites utilisés par des colonies de mise-bas en bâtiments de Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) et de Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus), espèces d'intérêt européen. Leurs territoires de chasse comprennent des prairies bocagères, des haies, des ripisylves et des bordures boisées.
Les ruisseaux abritent quant à eux deux poissons d'intérêt européen : le Chabot (Cottus gobio) et la Lamproie de Planer (Lampetra planeri). Par ailleurs, des plantes déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF ont été observées au niveau des cours d'eau et des berges, dont :
- la Renoncule des rivières (Ranunculus fluitans), plante aquatique des cours d'eau, rare en Bourgogne,
- le Potamot dense (Groenlandia densa), plante aquatique rare en Bourgogne,
- l'Aconit napel (Aconitum napellus), plante de bords de cours d'eau, très rare en Bourgogne.
Le maintien de ce patrimoine passe par des pratiques d'élevage extensives dans les fonds de vallées, gage de la conservation des linéaires de haies, des ripisylves et des cours d'eau.
Périmètre délimité par les terrains de chasse des jeunes chauves-souris autour des gîtes de mise-bas. Il est globalement organisé autours des vallées à fond prairial avec les rebords de plateaux boisés ; les cultures sont exclues.
