Formé d’alluvions superficielles récentes, le val de Saône est caractérisé dans le secteur de Saint-Jean-de-Losne par un paysage associant territoires cultivés, zones prairiales inondables et petits secteurs boisés.
Cette diversité et la qualité du paysage sont favorables aux chauves-souris. Les prairies bocagères, les haies, les bosquets et les linéaires boisés en bord de Saône constituent d’excellents territoires de chasse pour une colonie importante de mise bas de Grand Murin (Myotis myotis). Cette espèce d’intérêt européen se reproduit en bâtiment sur la commune de Saint-Jean-de-Losne. Avec 500 adultes recensés, il s’agit de la cinquième colonie de Bourgogne en termes d’effectif.
Le site comporte par ailleurs un intérêt floristique non négligeable. La Saône accueille dans ce secteur des herbiers aquatiques d'intérêt régional, comportant des espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF telles que :
- le Potamot dense (Groenlandia densa),
- la Renoncule des rivières (Ranunculus fluitans),
- l'Hydrocharis morène (Hydrocharis morsus-ranae).
Sur les bords de la Saône ou à proximité, notamment dans quelques prairies humides relictuelles, ont également été recensées des plantes déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF, avec :
- le Pâturin des marais (Poa palustris),
- le Pigamon jaune (Thalictrum flavum),
- la Patience des marais (Rumex palustris).
Les berges de ce tronçon de la Saône sont aussi utilisées pour la nidification du Guêpier d'Europe (Merops apiaster), espèce d'oiseau méridionale assez rare en Côte d'Or.
Ce patrimoine naturel dépend de la conservation de la structure bocagère et de la gestion extensive des secteurs inondables de la Saône.
Le périmètre est délimité par les terrains de chasse des chauves-souris autour des gîtes de mise bas. Il comprend la ville de Saint-Jean-de-Losne où se trouve la colonie, ainsi qu'un tronçon de la Saône et le secteur inondable environnant, et que les zones boisées autour de Saint-Jean-de-Losne.