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Le val de Saône est formé d’alluvions superficielles récentes. Dans ce secteur, la zone inondable de la Saône est caractérisée par des terrasses alluviales typiques, occupées par une surface importante de prairies de fauche.
Ce secteur relativement bien conservé présente un patrimoine faunistique remarquable avec un cortège d’oiseaux des milieux humides déterminants pour l’inventaire ZNIEFF.
L’île de Pagny et ses berges constituent une zone de nidification pour le Guêpier d'europe (Merops apiaster), nicheur rare en Côte d’Or.
Les zones prairiales accueillent pour la reproduction le Vanneau huppé (Vanellus vanellus) et le Courlis cendré (Numenius arquata), deux espèces de limicoles rares en Côte d’Or. 4 à 6 couples nicheurs de Courlis cendré ont été recensés sur le site. Le Tarier des prés (Saxicola rubetra) se reproduit également sur le site.
Ce tronçon de Val de Saône abrite par ailleurs une espèce végétale déterminante pour l’inventaire ZNIEFF : le Pigamon jaune (Thalictrum flavum).
Depuis la mise en place du barrage de Chagny en 1980, le niveau de la Saône a baissé d'environs 2 mètres permettant de diminuer le niveau des crues et de drainer les espaces environnants. Les prairies humides sont ici très menacées du fait de l'avancée des labours et de la diminution notable du régime d'inondation.
Ce patrimoine naturel dépend notamment du maintien de pratiques d’agriculture et d’élevage extensives dans la partie inondable du val de Saône. Il convient d'éviter au maximum l'extension des zones cultivées ainsi que la plantation de peupliers. Il convient aussi de ne pas créer d’avantage de plans d’eau en fond de vallée.
Le périmètre est délimité par les zones de reproduction des oiseaux et leurs domaines vitaux (alimentation). Il englobe une île, ainsi qu'une partie des berges et du bassin d'inondation de la Saône.
