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A la limite est de l’Auxois, les grottes de Prâlon sont situées sur les hauts reliefs calcaires de l'Arrière-côte dijonnaise.
Le site englobe les grottes, entourées de quelques prairies bocagères en fond de vallon, ainsi que le Mont-Oillot, occupé par de la forêt en bas de versant et des pelouses sèches sur les parties supérieures.
Le site est surtout connu pour sa faune d'intérêt régional.
La grotte naturelle, habitat d'intérêt européen, constitue une cavité majeure pour l’accueil en période d’hibernation d’une chauve-souris d'intérêt européen, le Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros). La présence en hibernation d’autres espèces en effectifs moindres, telles que le Grand rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum), le Grand murin (Myotis myotis) et la Barbastelle d’Europe (Barbastella barbastellus), sont également à noter.
Les bordures boisées, haies et bosquets des prairies bocagères autour du site d’hibernation, sont des territoires de chasse privilégiés pour ces espèces.
Les pelouses sèches sur calcaires, habitat d'intérêt européen, présentent par ailleurs un intérêt floristique, avec la présence d’espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF dont :
- l’Orpin à six angles (Sedum sexangulare), typique des dalles calcaires,
- le Petit pigamon (Thalictrum minus).
Ce patrimoine naturel dépend notamment de la tranquillité des grottes en période d’hibernation. Sa préservation repose aussi sur un pâturage respectueux des pelouses sèches et sur une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes.
Le périmètre est délimité par le développement de la cavité et les terrains de chasse des chiroptères à proximité des entrées.
