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Le plateau de Mont-Saint-Jean, au sein de l’Auxois méridional, est formé de calcaires durs du Jurassique. Les parcelles cultivées cohabitent avec des secteurs boisés, que l’on retrouve également au niveau des coteaux. La vallée humide de la Dorant, au sud du plateau, est principalement constituée de prairies bocagères. Ses versants entaillent les argiles du Lias.
La diversité de milieux du site lui confère un intérêt pour la faune et la flore. La ZNIEFF regroupe notamment plusieurs sites botaniques remarquables de pelouses et de cultures extensives riches en espèces végétales messicoles.
Au niveau des lisières et des prairies calcicoles très extensives se développe une flore de pelouse et de prairie bien structurée avec :
- Gentiane croisette (Gentiana cruciata), plante rarissime en Bourgogne,
- Gentianelle ciliée (Gentianella ciliata), très rare dans la région,
- Spiranthe d'automne (Spiranthes spiralis), très rare en Bourgogne,
- Limodore avorté (Limodorum abortivum), également très rare.
Toutes ces espèces sont protégées réglementairement.
Les pelouses et friches de plateau présentent également un intérêt pour les papillons, avec la présence de l’Hespérie de l'Alchémille (Pyrgus serratulae), espèce en limite nord-ouest de son aire de répartition.
L’Ascalaphe soufré (Libelloides coccajus), une espèce d’insecte névroptère, y a également été notée.
Le site abrite par ailleurs la Vipère aspic (Vipera aspis), dont les populations sont relativement isolées, espèce présente au niveau des friches de plateau, la Couleuvre d’Esculape (Zamenis longissimus) et la Couleuvre verte et jaune (Hierophis viridiflavus), trois espèces de reptiles déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF, en limite nord de leurs aires de répartition.
Les cultures accueillent de nombreuses espèces végétales dont des plantes déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF :
- Adonis annuelle (Adonis annua), inscrite sur la liste rouge de la flore menacée de France,
- Gagée des champs (Gagea villosa), protégée réglementairement et inscrite sur la liste rouge de la flore menacée de France,
- Passerine annuelle (Thymelaea passerina),
- Jusquiame noire (Hyoscyamus niger).
Des prairies fraîches à humides abritent trois espèces végétales déterminantes pour l'inventaire ZNIEFF, toutes rarissimes en Bourgogne :
- Millepertuis tacheté (Hypericum maculatum),
- Cumin des prés (Carum carvi),
- Laîche blonde (Carex hostina).
En fond de vallée humide, des secteurs sont favorables à plusieurs espèces d’amphibiens déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- Pélodyte ponctué (Pelodytes punctatus), dont les populations sont fragmentées et menacées par la destruction des zones humides,
- Rainette verte (Hyla arborea),
- Grenouille agile (Rana dalmatina).
Ce riche patrimoine naturel dépend notamment de pratiques d’agriculture et d’élevage extensives, appliquées encore aujourd'hui sur de nombreuses parcelles du site. Ces pratiques disparaissent néanmoins rapidement. La préservation de la structure bocagère des prairies et des zones de friche est également très importante.
La ZNIEFF est conçue comme un échantillon des habitats de cette partie de l'Auxois. Le périmètre englobe les domaines vitaux de la faune et les stations de flore déterminante.
