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Au sein de la plaine majoritairement cultivée recouvrant les marnes du Jurassique supérieur de la vallée châtillonnaise, les abords de Seine présentent un paysage diversifié composé par :
- le bassin d’inondation de la Seine, ici très élargi avec des ripisylves encadrées de prairies fauchées ou pâturées elles-même bordées de haies et bosquet,
- les coteaux majoritairement boisés, avec localement quelques friches et vignes,
- les bas de versant cultivés.
Le site est riche en espèces de faune et de flore d’intérêt régional, notamment au niveau des zones humides.
Alimentés par des résurgences karstiques, les cours d’eau hébergent des espèces aquatiques indiquant une bonne qualité des eaux calcaires; c'est le cas de la Lentille d’eau à trois sillons (Lemna trisulca), espèce très rare en Bourgogne, et de la Renoncule des rivières (Ranunculus fluitans), espèce déterminante pour l’inventaire ZNIEFF.
Les peuplements piscicoles reflètent le fonctionnement des ruisseaux de tête de bassin avec le Chabot (Cottus gobio) et la Lamproie de Planer (Lampetra planeri), deux poissons d’intérêt européen. Plus en aval, la Vandoise (Leuciscus leuciscus) et le Brochet (Esox lucius), poissons également déterminants pour l'inventaire ZNIEFF, ont été observés.
En outre, plusieurs oiseaux d'eau remarquables sont notés en tant que nicheurs sur ce tronçon de cours d'eau, notamment :
- l'Hirondelle de rivage (Riparia riparia), passereau nicheur assez rare en Bourgogne,
- le Cincle plongeur (Cinclus cinclus), oiseaux qui se reproduit et s’alimente dans les cours d’eau de bonne qualité.
Le site est également important en période de halte migratoire et de gagnage pour plusieurs autres oiseaux déterminants pour l'inventaire ZNIEFF, comme la Cigogne noire (Ciconia nigra), oiseaux rare en Bourgogne et qui s’alimente dans les prairies et zones humides. Le site est aussi fréquenté par le Guêpier commun (Merops apiaster) et le Torcol fourmilier (Jynx torquilla).
Par ailleurs, les prairies humides fauchées présentent aussi un cortège d’espèces végétales déterminantes avec entre autres :
- le Gaillet boréal (Galium boreale),
- la Sanguisorbe officinale (Sanguisorba officinalis),
- le Cerisier à grappes (Prunus padus), au sein des ripisylves d’aulnes et de frênes,
- le Pigamon jaune (Thalictrum flavum).
Enfin, la diversité de milieux est favorable aux chauves-souris. Des colonies de mise-bas de Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), de Grand Murin (Myotis myotis) et de Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus), trois espèces d’intérêt européen, ont été observées dans plusieurs bâtiments.
Ce patrimoine dépend d’un élevage extensif, gage du maintien des haies, des milieux prairiaux, des ripisylves et de la qualité de l’eau.
Périmètre délimité par les zones de nidification et les habitats vitaux des chauves-souris et des oiseaux (dont haltes migratoires et zones de gagnage de la Cigogne noire), englobant les habitats d'espèces végétales et le bassin d'inondation des cours d'eau, habitat de poissons.
