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Le territoire est composé de
- la plaine alluviale du Doubs
- la plaine de Bresse.
En premier lieu, encadrée de zones cultivées, la vallée du Doubs présente un paysage modelé par cette rivière (dépôts de matériaux, inondation, érosion) et composé de boisements alluviaux, de grèves, de noues, de bras morts, de plans d’eau artificiels liés aux extractions de granulats, de marais et de prairies alluviales sèches ou humides.
En second lieu, la plaine de Bresse associe milieux forestiers feuillus, espaces cultivés et prairies bocagères ainsi qu’un dense réseau d’étangs.
La zone présente une grande richesse floristique et faunistique, ainsi que des milieux d’intérêt régional variés. Ce secteur joue en particulier un rôle fonctionnel important par son maillage de zones humides favorables à l’avifaune nicheuse ou de passage.
1) Le Doubs a créé une topographie très variée où alternent des cuvettes (nappe affleurante) et des buttes sèches riches en graviers. A l’intérieur des digues, la dynamique actuelle de ce cours d’eau très actif (érosion de berges et d’îles, dépôts de matériaux) crée des perturbations dans la végétation alluviale et permet l’expression de successions végétales variées.
Entre les digues, divers habitats s’expriment avec :
- des herbiers aquatiques des cours d’eau, d’intérêt européen,
- divers herbiers aquatiques des plans d’eau, d’intérêt régional à européen.
- des végétations amphibies liées aux vases exondées des pièces d’eau, d’intérêt européen,
- des forêts alluviales à base d’ormes, de saules, de Peuplier noir et d’érables, d’intérêt européen,
- des végétations liées aux dépôts de limons alluviaux, d’intérêt régional,
- des végétations liées aux dépôts de sables alluviaux, d’intérêt régional,
- des saulaies pionnières du Doubs, d’intérêt régional.
Les eaux courantes et les berges accueillent une faune et une flore déterminante pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- l'Apron du Rhône (Zingel asper), poisson d'intérêt européen uniquement présent dans le bassin de la Saône, menacé par la dégradation de son milieu,
- la Bouvière (Rhoedeus amarus), poisson d'intérêt européen,
- le Castor d'Europe (Castor fiber), mammifère des bords de cours d'eau, d'intérêt européen,
- le Gomphe à pattes jaune (Gomphus flavipes), libellule sensible à la dégradation des grandes rivières à fond sableux,
- le Saule drapé (Salix eleagnos) plante déterminante pour l’inventaire ZNIEFF rarissime en Bourgogne et indicatrice des grèves de cours d’eau dynamiques.
2) Les milieux prairiaux présentent également des habitats remarquables avec :
- des mégaphorbiaies, d’intérêt européen,
- des prairies de fauche humides longuement inondables, d’intérêt régional,
- des prairies de fauche sèches ou rapidement ressuyées après les crues, d’intérêt européen.
- des pelouses sèches sur alluvions calcaires, d’intérêt européen.
Ces milieux sont riches en espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF, avec par exemple la Gratiole officinale (Gratiola officinalis), plante protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France.
3) Les réseaux d’étangs présentent des successions végétales variées avec :
- divers herbiers aquatiques de plans d’eau, d’intérêt régional à européen,
- des végétations amphibies des vases exondées, d’intérêt européen,
- divers types de caricaies et de roselières,
- des saulaies marécageuses.
La Laîche de Bohème (Carex bohemica), plante amphibie déterminante pour l’inventaire ZNIEFF, rarissime en Bourgogne, caractérise les berges d’étangs exondées en été.
4) Le site et ses différents milieux est important pour l’avifaune nicheuse déterminante pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- le Gorgebleue à miroir (Luscinia svecica), passereau d'intérêt européen, nicheur très rare en Bourgogne et qui présente ici sa plus forte population de France continentale,
- le Blongios nain (Ixobrychis minutus), échassier pêcheur d'intérêt européen, nicheur occasionnel en Bourgogne,
- le Busard des roseaux (Circus aeruginosus), rapace diurne d’intérêt européen, nicheur très rare en Bourgogne,
- le Héron pourpré (Ardea purpurea), échassier pêcheur d’intérêt européen, nicheur très rare en Bourgogne,
- la Sterne pierregarin (Sterna hirundo), nicheur rare en Bourgogne, d’intérêt européen,
- le Bihoreau gris (Nycticorax nycticorax), échassier d'intérêt européen, nicheur rare en Bourgogne,
- la Rousserolle turdoïde (Acrocephalus arundinaceus), passereau aquatique nicheur rare en Bourgogne,
- le Pic cendré (Picus canus), oiseau forestier nicheur assez rare en Bourgogne.
Le site constitue aussi une zone majeure de halte migratoire ou d’hivernage pour les oiseaux limicoles comme le Chevalier arlequin (Tringa erythropus) et pour les Anatidés, comme l’Oie cendrée (Anser anser) et le Canard pilet (Anas acuta).
Ce patrimoine dépend :
- de la préservation de la dynamique naturelle du Doubs,
- d’un élevage extensif respectueux des haies, des pelouses, des prairies, des plans d’eau et des cours d’eau,
- d'une gestion douce des plans d'eau, respectueuse des herbiers aquatiques et des ceintures de végétation.
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie).
Il convient en particulier :
- d'éviter au maximum l'extension des zones cultivées et des plantations de peupliers,
- d'éviter les nouvelles extractions de matériaux dans le lit majeur, la création de digues et le remblaiement.
Certaines espèces ont besoin de tranquillité absolue afin d’assurer avec succès leur reproduction ce qui nécessite la limitation de certaines activités humaines dans les secteurs concernés comme les grèves du Doubs (Sterne pierregarin) ou les roselières de bords d’étangs (Blongios nain, etc.).
Périmètre délimité par des secteurs riche en habitats d'espèces végétales et animales rares :
- la vallée inondable du Doubs avec ses divers milieux alluviaux et ses prairies inondables,
- un secteur du nord de la plaine de Bresse avec les étangs prairies et boisements.
