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A cheval entre le Bas-Morvan oriental granitique, l'Auxois et la Terre Plaine (argiles et marnes), le territoire appelé "Bassin du Serein amont" comprend :
- la large vallée du Serein amont et la plaine associée sur les argiles et marnes liasiques, dominée par les prairies bocagères avec quelques cultures,
- des petites vallées granitiques (Serein aval, ruisseaux affluents), où alternent petits boisements et bocage,
- des plateaux granitiques, où de vastes massifs boisés côtoient des prairies bocagères et quelques plans d'eau comme l'étang de Chénomène,
- le rebord de la cuesta des calcaires d’âge Jurassique moyen de l’Auxois, sur la frange est du site, avec ses bois, ses prairies et ses friches.
Ce site est d’intérêt régional pour la diversité de ses habitats, comprenant bocage, mares, prairies humides, cours d’eau, pelouses sèches et falaises, avec les espèces animales et végétales inféodées à ces milieux.
1) Les sols superficiels, les terrains en pente et les falaises sont composés de milieux d’intérêt régional comme :
- végétations des fentes de rochers calcaires, d’intérêt européen,
- pelouses sèches sur sols calcaréo-siliceux, d’intérêt européen,
- pelouses sèches sur sols calcaires, d’intérêt européen,
- pelouses à espèces vivaces sur sols sains acides, d’intérêt européen,
- prairies de fauche sur sols sains, d’intérêt européen,
- ourlets herbacés sur sols secs, d’intérêt régional.
Ces milieux hébergent des espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec par exemple :
- Fétuque à longues feuilles (Festuca longifolia), plante vivace de pelouses sèches,
- Fadet de la Mélique (Coenonympha glycerion), papillon prairial en limite nord-ouest de son aire de répartition,
- Faucon pèlerin (Falco peregrinus), rapace nicheur rare en Bourgogne et d'intérêt européen. Ses sites potentiels de nidification sont limités, nécessitant à la fois des falaises dégagées, une aire inaccessible aux prédateurs carnivores et des espaces de tranquillité au moment de la reproduction.
2) Dans les vallons bien alimentés en eau se développent :
- des végétations aquatiques des cours d’eau, d’intérêt européen,
- des mégaphorbiaies, d’intérêt européen,
- des prairies humides sur sol paratourbeux ou argileux, d’intérêt européen,
- des ripisylves d’aulnes et de frênes, d’intérêt européen,
- des sources, d’intérêt régional.
Les cours d’eau et les prairies humides abritent diverses espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec par exemple :
- Lamproie de Planer (Lampetra planeri) et Chabot (Cottus gobio), poissons d’intérêt européen, indicateurs d’une bonne qualité de l’eau,
- Renoncule des rivières (Ranunculus fluitans), plante aquatique de cours d'eau, très rare en Bourgogne,
- Oenanthe à feuilles de peucédan (Oenanthe peucedanifolia), plante prairiale très rare en Bourgogne.
3) Les étangs (notamment celui de Chénomène) s’exondent parfois en été et sont riches en ceintures de végétation variées avec :
- végétations amphibies à annuelles des grèves exondées, d’intérêt européen,
- saulaies marécageuses,
- diverses roselières et caricaies.
Plusieurs espèces déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF sont présentes dans ces milieux avec par exemple l’Elatine à six étamines (Elatine hexandra), plante amphibie rarissime en Bourgogne et protégée réglementairement.
4) Les réseaux de mares au sein des prairies bocagères accueillent des populations de divers amphibiens, comme le Triton crêté (Triturus cristatus), d'intérêt européen, et en régression en Bourgogne du fait de la disparition des mares et de la mise en culture engendrant la déconnexion des populations.
5) Du fait de la diversité des sols, différents habitats forestiers sont présents :
- chênaies-charmaies sur sols calcaires, sur les pentes des buttes calcaires jurassiques,
- chênaies-charmaies à Stellaire holostée (Stellaria holostea), sur sols peu acides souvent argileux ou marneux, d’intérêt régional,
- chênaies sessiliflores à Canche flexueuse (Avenella flexuosa), sur les sols granitiques.
Ces différents milieux (bois, prairies bocagères, étangs, cours d’eau) constituent des zones de reproduction et d’alimentation pour une faune diversifiée avec :
- Petit rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), chauve-souris d'intérêt européen, qui présente plusieurs colonies de reproduction en bâtiments,
- Chevêche d'Athéna (Athene noctua), rapace nocturne menacé par la disparition du bocage et notamment des vieux arbres qu'il utilise préférentiellement pour nidifier,
- Pie-grièche à tête rousse (Lanius senator), passereau nicheur assez rare en Bourgogne, menacé par l'altération de son habitat de reproduction,
- Tarier des prés (Saxicola rubetra), passereau nicheur rare en Bourgogne.
Ce patrimoine dépend :
- d'un élevage extensif respectueux des milieux prairiaux, des cours et plans d'eau, des zones humides et des linéaires de haies interconnectés,
- d’une gestion forestière à base de peuplements feuillus et de traitements adaptés aux conditions stationnelles (sol, climat, topographie, hydrographie), conservant les milieux annexes : lisières, clairières, layons, ripisylves et cours d'eau, etc.,
- de l’absence de dérangement au niveau des parois rocheuses, lieu de vie d’espèces sensibles.
Il convient de maintenir le régime hydraulique des cours d'eau, sans seuils ni enrochement des berges et en respectant les ripisylves.
Il parait enfin essentiel de ne pas convertir davantage de prairies en cultures, et de conserver leur fonctionnement hydrologique.
Le périmètre est délimité par un vaste secteur bocager de plaine et des plateaux à l'est du Morvan, drainé par la vallée du Serein et riche en habitats, plantes et animaux d'intérêt régional.
