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Le site occupe un tronçon du lit majeur du val de Loire. Les milieux alluviaux variés (bancs d’alluvions, bras morts, lit du fleuve) sont encadrés par des zones de cultures et des prairies fauchées ou pâturée. Le bocage est omniprésent avec une maille lâche. La Loire est un cours d’eau très dynamique, caractérisé par une large bande de divagation de son cours et par des successions de zones d’érosions et de dépôts d’alluvions, créant des biotopes variés. Les bras morts sont riches en habitats humides. Sur la commune de Saint-Agnan l'activité des gravières est bien implantée.
Ce site est d’intérêt régional pour ses habitats alluviaux ainsi que sa faune et sa flore.
Le cours du fleuve et ses abords présentent divers habitats avec :
- des herbiers aquatiques du fleuve, d’intérêt européen,
- des végétations pionnières amphibies des bordures de plans d’eau, d’intérêt européen,
- des végétations des dépôts sableux, d’intérêt régional,
- des végétations des dépôts limoneux, d’intérêt européen,
- des petites roselières et caricaies des bras morts et des dépressions inondables,
- des saulaies pionnières riveraines,
- des forêts alluviales de frênes, d’ormes et de saules, d’intérêt européen,
- des pelouses ouvertes dunaires, d’intérêt européen,
- des pelouses sur alluvions calcaréo-siliceuses (alliances végétales du Sileno conicae-Cerastion semidecandri et de l’Armerienion elongatae), d’intérêt européen.
Les pelouses sèches accueillent un cortège varié d’espèces végétales déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF avec :
- la Renoncule de Montpellier (Ranunculus monspeliacus) et la Renoncule des marais (Ranunculus paludosus), plantes méditerranéennes rarissimes en Bourgogne,
- la Vesce printanière (Vicia lathyroides), plante annuelle naine très rare en Bourgogne,
- la Spargoute printanière (Spergula morisonii), plante annuelle naine rare en Bourgogne et protégée réglementairement,
- le Corynéphore blanchâtre (Corynephorus canescens), plante protégée réglementairement rare en Bourgogne.
Les milieux humides accueillent également des espèces déterminantes avec :
- le Flûteau à feuilles de graminée (Alisma gramineum), plante amphibie pionnière exceptionnelle en Bourgogne, inscrite au livre rouge de la flore menacée de France et protégée réglementairement,
- la Pulicaire vulgaire (Pulicaria vulgaris), plante des grèves exondées, protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- la Gratiole officinale (Gratiola officinalis), plante protégée réglementairement et inscrite au livre rouge de la flore menacée de France,
- l'Hottonie des marais (Hottonia palustris), plante aquatique très rare en Bourgogne, protégée réglementairement,
- le Butome en ombelle (Butomus umbellatus), plante des marais, protégée réglementairement,
- l'Oenanthe à feuilles de silaüs (Oenanthe silaifolia), plante des prairies humides, protégée réglementairement.
Le corridor ligérien constitue une zone de nidification majeure pour des oiseaux déterminants pour l’inventaire ZNIEFF comme :
- la Sterne pierregarin (Sterna hirundo) oiseau d’eau d’intérêt européen, nicheur rare en Bourgogne, sensible au dérangement sur ses sites de reproduction (bancs de graviers) et aux modifications du régime fluvial,
- la Cicogne blanche (Ciconia ciconia), échassier d'intérêt européen, nicheur très rare en Bourgogne,
- le Bihoreau gris (Nycticorax nycticorax), échassier d'intérêt européen, nicheur rare en Bourgogne,
- le Courlis cendré (Numenius arquata), oiseau limicole nicheur rare en Bourgogne,
- l'Aigrette garzette (Egretta garzetta), échassier d'intérêt européen, nicheur rare en Bourgogne,
- Oedicnème criard (Burhinus oedicnemus), oiseau d’intérêt européen,
- l'Hirondelle de rivage (Riparia riparia), oiseau rupicole assez rare en Bourgogne,
- le Guépier d’Europe (Merops apiaster),
- le Petit Gravelot (Charadrius dubius),
- le Vanneau huppé (Vanellus vanellus).
D’autres espèces d’oiseaux déterminants préfèrent nicher dans les secteurs bocagers comme l’Alouette lulu (Lullula arborea), passereau d’intérêt européen.
Le val de Loire est important en période de halte migratoire pour divers oiseaux d’eau déterminants pour l'inventaire ZNIEFF comme le Chevalier gambette (Tringa totanus), petit échassier limicole, ou encore la Grue cendrée (Grus grus), échassier d'intérêt européen.
Le fleuve constitue aussi un corridor écologique pour les poissons déterminants pour l'inventaire ZNIEFF comme la Lamproie marine (Petromyzon marinus) et l'Alose (Alosa alosa), deux poissons migrateurs d'intérêt européen, menacés par les perturbations physiques du lit des cours d'eau (extraction de granulats, barrages) et par la dégradation de la qualité des eaux.
Les berges du fleuve et les prés humides accueillent enfin des libellules déterminantes pour l’inventaire ZNIEFF dont:
- l'Agrion de mercure (Coenagrion mercuriale), d'intérêt européen,
- le Gomphe semblable (Gomphus simillimus).
Ce patrimoine dépend essentiellement de la dynamique naturelle du fleuve.
Il convient d'éviter les extractions de matériaux dans le lit majeur, la création de digues et le remblaiement.
Une agriculture extensive (pâturage extensif, absence de retournement des prairies) est également importante.
Périmètre délimité par le lit majeur de la Loire entre la rive gauche et le canal latéral; il suit une limite naturelle s'appuyant au nord sur les contreforts du Morvan, et au sud contre le pied de la première terrasse de la Loire (interface avec les formations des sables du Bourbonnais).
