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Le site est composé d’une mosaïque complexe et très variée de milieux alluviaux et de terrils et friches minières.
Malgré une histoire humaine et écologique mouvementée, les parcelles de la vallée jouxtant le terril de Chabaud-Latour hébergent encore de nombreuses communautés végétales liées principalement aux variations du niveau d’eau et de la topographie perturbées par une exploitation minière ancienne. On peut en particulier signaler la présence ou le maintien de végétations comportant une flore rare ou en régression dans la région Nord-Pas de Calais telles que les prairies alluviales mésotrophes à Séneçon aquatique dans les niveaux moyens et à Oenanthe fistuleuse dans les niveaux inférieurs.
Les terrils et friches minières (site de Chabaud-Latour notamment) comportent de nombreuses communautés végétales aquatiques à xérophiles intéressantes et originales (pelouses sèches acidiclines à acidiphiles notamment, végétations thermophiles des zones de combustion…).
La Cinéraire des marais (Tephroseris palustris), protégée au niveau national, a été récemment repérée en bordure du canal de Condé-Pommereuil.
La richesse floristique de ce site est remarquable, avec plus d’une quarantaine de plantes déterminantes de ZNIEFF donc 14 protégées.
La variété de nombreux biotopes au sein de ce site formant un grand ensemble écologique avec les marais d’Harchies-Hensies-Pommeroeul en Belgique est un atout majeur pour la faune aquatique et paludicole. Les habitats aquatiques et les roselières des étangs et marais de Condé-sur-l’Escaut, Thivencelle, Saint-Aybert, Vieux-Condé et Hergnies) abritent la plus grande partie des espèces déterminantes du site (40 espèces déterminantes sur 32 se reproduisant dans les zones humides).
Parmi ces 40 espèces déterminantes on compte 6 espèces de Batraciens, 4 espèces de Rhopalocères, 5 espèces d’Odonates, 4 espèces de Mollusques 25 espèces d’oiseaux dont la reproduction a été probable ou certaine. entre 1990 et 2007). Il en résulte que cette ZNIEFF représente un des sites majeurs régionaux pour les espèces des zones humides.
Les habitats présentant un caractère « minéral », les friches minières, les carrières et les vieux murs constituent l’habitat secondaire de l’Alyte dont l’habitat primaire est constitué par les dunes. Il est localisé aux remparts de Condé. Les friches minières, les fonds de carrières inondées, les zones d’extraction de granulat constituent l’habitat secondaire du Crapaud calamite dans la région dont l’habitat primaire est constitué par les dunes. Il est actuellement localisé dans la zone aménagée du terril Ledoux.
Les micropopulations de la Rainette arboricole peuvent facilement passer inaperçues. L’espèce non recontactée depuis 1998 ne peut donc pas être considérée comme éteinte sur le site. Sa présence est à reconfirmer. Même si le site d’observation a été remplacé par un étang il n’est pas impossible que l’espèce ait trouvé refuge à proximité.
La zone des Bateaux flamands est une des plus riche au niveau avifaunsitique puisque toutes les espèces présentes sur le site y ont été observées, notamment Le Blongios nain et le Bihoreau gris dont la nidification sur le site est suspectée. Le dernier cas de nidification certaine de la Pie-grièche–grise remonte à 1998. De même, la Rousserolle turdoïde et la Rémiz penduline ont actuellement disparu du site mais ont niché de façon certaine durant la période 1990-2007. La Bécassine des marais, la Barge à queue noire, le Courlis cendré et le Hibou des marais ont niché sur le site dans les années 1970-90. La preuve de la nidification de ces espèces n’a pas pu être apportée depuis 1990, bien que certaines aient été observées en période de reproduction.
Espèce en annexe I de la Directive Oiseaux le Butor étoilé assez rare dans la région et en danger au niveau national trouve sur le site un des derniers secteurs régionaux pour sa reproduction qui y est épisodiquement probable.
La Sterne pierregarin niche à l'étang d'Amaury ainsi qu'à Condé où des aménagements spécifiques (radeaux) ont été réalisés.
Une partie du domaine vital de plusieurs espèces à forte valeur patrimoniale nicheuses dans le complexe marécageux de Harchies Hensies-Pommeroeul est incluse dans la ZNIEFF, utilisée principalement pour l’alimentation., C’est le cas de l’Aigrette garzette, du Bihoreau gris, du Grand Cormoran.
Pour les papillons rhopalocères, la présence conjointe d’ Apatura ilia et Apatura iris (espèces assez rares au niveau régional) est à souligner. Ces deux espèces constituent ici, une de leurs rares populations régionales en dehors de l’Avesnois.
Cette ZNIEFF est donc un enjeu pour la conservation de ces espèces de rhopalocères dans la perspective de la trame verte régionale
Elle abrite de vastes complexes de zones humides de nature diverses permettant à un important cortège d’odonates de se développer. Ces espèces sont caractéristiques des marais de plaine.
Nouveau périmètre correspondant à la scission de la ZNIEFF de 1ère génération « n°008-01 – Marais de Condé-sur-Escaut, Saint-Aybert, Thivencelle et Crespin et bois d'Emblise», avec ajout d’un « cordon » le long du Jard en incluant l’étang d’Amaury, site d’importance majeure pour la faune (zone de reproduction pour des espèces déterminantes et patrimoniales d’oiseaux, d’amphibiens et de reptiles ; nidification certaine de la Sterne pierregarin). La partie sud de l’ancienne ZNIEFF n°008-01 a été soustraite et individualisée sous le numéro 008-06 et la dénomination « Bois d’Emblise, marais du Moulin et marais Loumois ».
