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L’originalité et la rareté de ces milieux, qu’ils soient naturels ou d’origine industrielle, ont depuis longtemps attirés de nombreux scientifiques. Renfermant encore d’importantes teneurs en métaux lourds (zinc, plomb, cuivre et cadmium), les résidus d’extraction sont extrêmement toxiques pour la végétation locale. Seules des plantes très spécialisées, appelées métallophytes, ont pu coloniser ces terrains calaminaires (le terme calaminaire provient de "calamine", nom d’un minerai de zinc). Ainsi, les pelouses de Mortagne hébergent-elles une flore exceptionnelle exclusivement liée à ce type d’habitat, avec l’Armérie de Haller (Armeria halleri), dont les stations régionales seraient uniques en France, et l’Arabette de Haller (Arabidopsis halleri) également signalé dans le Bas-Rhin.
Bien que ces espèces ne soient pas considérées comme déterminantes de ZNIEFF et que le site calaminaire de Mortagne résulte de l’activité industrielle, ces espèces (Armérie de Haller, Arabette de Haller) et la communauté végétale qu’elles forment, constituent un patrimoine biologique original et d’autant plus précieux pour le Nord Pas-de-Calais qu’il est également rare sur le plan national et international. Les deux espèces pré-citées présentent également un intérêt pour l’étude génétique des populations de plantes métallicoles, que ce soit les métallophytes absolues (Armérie et Arabette de Haller) ou les métallophytes tolérantes comme diverses graminées (Fromental, Agrostide capillaire...). En outre, il a été démontré que le Demi-Argus (Cyaniris semiargus), présent sur le site, peut utiliser l'Armérie de Haller comme plante-hôte (Stien et Lemoine, 2014) sur les pelouses calaminaires. Cette espèce rare et remarquable dans la région est habituellement inféodée aux prairies fraîches à humides et riches en fleurs. Ce qui renforce aussi l'intérêt de cette flore métallicole.
Il faut également rappeler que ces végétations jouent un rôle important dans la protection de l’environnement car elles empêchent la dissémination insidieuse de cette pollution hautement toxique pour l’homme et les animaux. En effet, les plantes calaminaires peuvent jouer un rôle précieux dans le cadre des opérations de phytoremédiation pour la stabilisation/dépollution des sols contaminés par les métaux lourds.
Le site présente peu d’enjeux avifaunistiques. La zone boisée en périphérie des pelouses abrite toutefois une héronnière de Hérons cendrés (Ardea cinerea). D’années en années, les héronnières peuvent être ré-utilisées, grandir, puis se fragmenter. Celle-ci est occupée presque annuellement, avec une dernière nidification attestée en 2021.
Le site correspond à l'emprise des pelouses métallicoles. Des extensions de périmètre au passage en seconde génération, en 2010, sont proposées vers le Nord et l’Est pour intégrer des parcelles présentant la flore calaminaire caractéristique de ce site (bois et friches).
En 2022, finalement, le site est considérablement réduit à la partie pelouse métallicole jouxtant le collège. En effet, cette zone est la seule qui présente une réelle originalité vis-à-vis du reste environnant. Elle y abrite une diversité et des concentrations importantes de plantes métallicoles comme l'Amérie de Haller (Armeria maritima subsp. halleri). Les friches prairiales peu diversifiées, essentiellement constituée du Fromental élevé (Arrhenatherum elatius) en partie surplantées en peupliers sont exclues du périmètre.
