Le Mont de Bonningues s’étend le long du Bois du Carnoy ; il marque le versant abrupt du vallon sec de la Noire vallée qui rejoint la Hem au Pré Noir, à l’ouest du hameau de Guémy. Ce coteau mamelonné exposé à l’Ouest repose sur la craie marneuse turonienne couronnée d’argiles à silex et de limons. Il constitue une invagination interne de la cuesta du Pays de Licques.
Ce site, dominé par des milieux herbacés, possède une série dynamique calcicole bien exprimée. Elle débute par les pelouses de substrats crayeux frais à marneux à affinités boréo-atlantiques du Gentianello amarellae - Avenulion pratensis. La particularité de ce site se trouve dans la présence potentielle des deux associations de pelouses endémiques du Boulonnais et du pays de Licques : le Thymo britannici - Festucetum hirtulae (signalé historiquement sur le site) et le Succiso pratensis - Brachypodietum pinnati (revu en 2015). Suite à l'abandon de l'exploitation pastorale de ce coteau, les pelouses ont progressivement été remplacées par des ourlets du Trifolion medii, notamment le Bunio bulbocastani - Brachypodietum pinnati particulièrement bien développé sur les versants et le Groupement à Brachypodium pinnatum et Eupatorium cannabinum jadis observé en bas de pente, puis par des manteaux calcicoles. Des fourrés assez originaux associant le Genêt à balai, l’Ajonc d’Europe et le Prunellier ont colonisé le haut du coteau où affleurent les argiles à silex. La série dérivée par eutrophisation (surpâturage, amendements…) comprend la prairie calcicole dans les secteurs pâturés et le Groupement à Leucanthemum vulgare et Arrhenatherum elatius dans les zones plus ourlifiées ou gérées par fauches plus ou moins régulières (talus…).
Ainsi, cette ZNIEFF compte trois habitats déterminants de ZNIEFF observés en 2015, plus deux mentionnés en 1990 et potentiellement encore présents. Comme ce coteau présente une tendance générale à l'ourlification, les zones où subsistent les pelouses calcicoles basses concentrent une grande partie de l'intérêt floristique et phytocénotique de ce site. C'est le cas notamment des zones de pelouses écorchées, voire de craie nue, où a été observée une mousse jusqu'à lors inconnue dans la région Nord Pas-de-Calais : Tortella inflexa. Depuis 2000, 17espèces végétales d'intérêt patrimonial ou déterminantes de ZNIEFF ont été observées sont présentes sur ce site. Elles sont inféodées à la succession des végétations calcicole, allant des pelouses écorchées aux fourrés.
Outres ses intérêts floristique et phytocénotique, le Mont de Bonningues possède un intérêt paysager indéniable et offre une remarquable vue de toute la cuvette du Pays de Licques bordée de ses « cuestas » festonnées partiellement boisées ; et au-delà du bocage semi-herbager du fond de la vallée se profile à l’horizon la vaste plaine maritime flamande...
Concernant la faune, quelques espèces déterminantes de Rhopalocères ont été observées sur le site : le Point de Hongrie (Erynnis tages), assez rare au niveau régional, le Demi-deuil (Melanargia galathea) et l’Argus vert (Callophrys rubi), peu commun au niveau régional, (HAUBREUX [coord.], 2009). Le Mont de Bonningues abrite plusieurs couples de Pipit des arbres Anthus trivialis, ce qui est remarquable. La Vipère péliade Vipera berus est observée irrégulièrement au sein du périmètre de la ZNIEFF. Toutefois sa présence régulière sur des sites situés à proximité, indique un noyau de population sur le secteur.
Le périmètre initial de la ZNIEFF a été délimité par des critères géomorphologiques et écologiques (coteau crayeux avec pelouses et fourrés calcicoles). Il intègre également quelques parcelles de culture en bas de versant, où des espèces messicoles avaient été observées. Le périmètre a ensuite été légèrement réajusté de façon à intégrer la partie sud, et le bas du coteau dans la ZNIEFF. En effet la partie sud encore majoritairement couvertes de prairies et d’ourlets calcicoles était rattachée à la ZNIEFF voisine (n° 33-09) qui est principalement une ZNIEFF boisée. Ainsi, cette modification permet d’uniformiser les conditions écologiques au sein de ces deux ZNIEFF. Le réajustement du contour permet ainsi d’ajouter à la liste d’espèces l’Hippocrépide en ombelle (Hippocrepis comosa) et l’Astragale à feuilles de réglisse (Astragalus glycyphyllos).