Les Falaises d’Equihen présentent une géomorphologie et une structure analogues à celles du Cap Gris-Nez. Ainsi, les grès du Portlandien affleurant vers le haut s’éboulent en un remarquable chaos de rochers au pied des marnes kimmeridgiennes qui forment la base de cet escarpement vertical. Sur la plage, des ceintures d’algues se succèdent depuis les niveaux les plus bas jusqu’aux blocs en haut de l’estran.
Cette falaise jurassique marque l’extrémité méridionale du Boulonnais. Avec les dunes fossiles plaquées sur cette falaise, au nord du massif d’Ecault, l’intérêt est de niveau national/européen en raison de la rareté de ce type de système littoral dans le domaine nord-atlantique. Cet écosystème linéaire correspond à de grandes falaises d’argiles, de grès et de marnes particulièrement instables et présentant des gradins successifs correspondant à des glissements liés aux résurgences de nappes.Sur l'estran, huit communautés macrobenthiques intertidales sont présentes:
- la communauté à Mytilus edulis et balanes sur roche médiolittorale très exposée (A1.11) présente sur l'estran rocheux. Elle est caractérisée par la présences de tâches de petites moules (Mytilus edulis), entrecoupées de tâches de balanes (Semibalanus balanoides) et de patelles (Patella vulgata). On y rencontre également des petites algues rouges telles que Ceramium spp., Corallina officinalis et Mastrocarpus stellatus dont l'abondance augmente en allant vers la partie inférieure du rivage.
- la communauté de Semibalanus balanoides sur roche exposée à modérément exposée ou sur paroi rocheuse verticale abritée médiolittorale (A1.113). Elle est caractérisée par une biocénose dense à balanes (Semibalanus balanoides) et patelles (Patella vulgata). La diversité spécifique est relativement faible, mais les quelques fentes et fissures de la roche constituent un refuge pour les petits individus des espèces suivantes : moule (Mytilus edulis), littorine des roches (Littorina saxatilis) et pourpre (Nucella lapillus).
- la communauté de la mosaïque de Fucus vesiculosus et de balanes sur roche du médiolittoral moyen modérément exposée (A1.213). Elle est caractérisée par une mosaïque de balanes (Semibalanus balanoides) et d'algues brunes (Fucus vesiculosus). La patelle (Patella vulgata) et la pourpre (Nucella lapillus) sont typiquement présentes.
- la communauté à Porphyra purpurea ou Ulva (anciennement Enteromorpha) spp. Sur roche abrasée par le sable du médiolittoral moyen ou inférieur (A1.452). La biocénose est typiquement dominée par des algues éphémères rouges ou vertes, en particulier l'algue rouge foliacée Porphyra purpurea et des algues vertes telles que Ulva spp..
- la communauté des sables intertidaux fins à moyens à amphipodes et Scolelepis spp. (A2.223) présente sur la plage depuis les hauts niveaux (zone de rétention) jusqu’aux bas niveaux (zone de résurgence). Elle est caractérisée par les amphipodes du genre Bathyporeia, les isopodes Eurydice spp. et le polychète Scolelepis squamata.
- la communauté des sables fins intertidaux à polychètes et amphipodes (A2.23) située dans les bas niveaux de plage (zone de saturation) est caractéristique des bas niveaux de l’estran (zone de résurgence inférieure + zone de saturation) et s’étend vers la zone infralittorale. Les espèces rencontrées sont des amphipodes tels que Bathyporeia pelagica et Pontocrates spp., des polychètes dont Nephtys cirrosa, Spio martinensis et Spiophanes bombyx principalement et des mollusques bivalves comme Donax vittatus et Ensis directus.
- la communauté à Lichens ou petites algues vertes sur roche du supralittoral et de la frange littorale (B3.11). Les biocénoses à lichens forment typiquement une ceinture distincte dans la zone humectée par les embruns des rivages rocheux.La flore est très diversifiée, marquant l’intérêt majeur de cette ZNIEFF littorale de falaises.
Au total 39 taxons déterminants de ZNIEFF ont été observés. On remarque une majorité de taxons halophiles à subhalophiles parmi les taxons déterminants de ZNIEFF. Citons plus particulièrement quatre taxons vulnérables, très rares à rares dont le premier cité est protégé dans le Nord-Pas de Calais : Troscart des marais (Triglochin palustris), Crithme maritime (Crithmum maritimum), Oenanthe de Lachenal (Oenanthe lachenalii) et Rhinanthe à grandes fleurs (Rhinanthus angustifolius subsp. grandiflorus).
En haut de falaise, diverses végétations s’agencent en une mosaïque fine de microbiotopes où se remarquent diverses pelouses annuelles ou vivaces et des prairies primaires naturelles, mésophiles à hygrophiles, depuis le haut de falaise jusqu'aux pentes suintantes et aux petits marais liés aux eaux ruisselant le long des argiles ou des marnes. Ainsi, une quinzaine de végétations déterminantes de ZNIEFF ont été relevées depuis 2001, celles-ci correspondant à onze habitats dans la typologie CORINE biotopes, particulièrement incomplète pour les végétations de falaises et de prairies (voir les commentaires sur les habitats pour plus de détails).
Concernant la faune, la ZNIEFF des Falaises d’Equihen présente un intérêt batrachologique pour l'Alyte accoucheur (Alytes obstetricans) et le Crapaud calamite (Epidalea calamita). Ces deux espèces des milieux pionniers sont quasi-menacées dans le Nord - Pas-de-Calais (Godin & Quevillart, 2015).
Dix espèces d'oiseaux déterminants de ZNIEFF ont été recensées. Il s'agit principalement d'espèces liées aux milieux agricoles à gestion extensive, encore bien conservés : Hirondelle rustique, Alouette des champs, Bruant jaune, Perdrix grise et d'espèces de zones humides : Pipit farlouse, Bouscarle de Cetti et Bergeronnette des ruisseaux.
Les pelouses aérohalines du site offrent un habitat idéal pour une des rares populations nordistes de la Mélitée du Plantain (Melitaea cinxia) et conviennent également à une espèce d'Orthoptères des milieux secs, que l'on trouve principalement sur le littoral : le Gomphocère tacheté (Myrmeleotettix maculatus).
La partie maritime permettra d'englober les zones de reposoir pour le Phoque veau marin (Phoca vitulina) et le Phoque gris (Halichoerus grypus) qui fréquentent ce secteur du littoral.
Les Falaises d’Equihen s’étendent du sud de la commune du Portel jusqu’aux premières dunes d’Ecault. Elles s’élèvent jusqu’à près de 60 m au-dessus d’un estran tantôt rocheux, tantôt sableux.
Le périmètre correspond donc à la falaise, au platier rocheux ou à l'estran sableux. Il inclue également une bande de terrains en haut de falaises, avec des prairies mésophiles, quelques cultures et un vallon alimentant un ruisseau et des résurgences ou des écoulements le long de la falaise. Une petite extension est proposée en 2019. Elles est localisée au centre est du périmètre. Elle correspond à des pelouses / prairies (principalement de l'Arrhenatherenion elatioris) peu différentes de celles déjà présentes sur le reste du plateau en arrière de la falaise. C'est au sein de ces pelouses prairiales qu'ont été observés quelques individus d'Orchis pyramidal (Anacampis pyramidalis) et de Gesse sans feuilles (Lathyrus aphaca).
Une deuxième extension est proposée en 2019 à l'extrémité est du périmètre. Celle-ci premet de prendre en compte l'ensemble du bassin versant du ruisselet qui se déverse dans la mer au pied de la falaise. Bien qu'aucun élément déterminant de ZNIEFF n'ait été observé, la prise en compte de ce secteur est essentiel pour garantir le maintien de la qualité des eaux du ruisseau qui alimente plusieurs stations d'espèces halophiles déterminantes de ZNIEFF situées en pied de falaise (Juncus gerardi, Bolboschoenus maritimus, Samolus valerandi, Apium graveolens...). Elle assure par ailleurs la continuité d'un habitat particulièrement intéressant pour les espèces animales déterminantes recensées dans le périmètre actuel de la ZNIEFF, comme la communauté d'oiseaux liée aux milieux agricoles qui peut s'y alimenter en période de reproduction, ou des espèces comme le Pipit farlouse, la Bouscarle de cetti ou la Bergenonette des ruisseaux qui peuvent potentiellement y nicher. La présence de points d'eau, même temporaires, peut favoriser également la présence du Crapaud calamite.
Une troisième extension est proposée en 2019 au centre de la ZNIEFF. Ce secteur correspond à l'ancien terrain de moto-cross qui a fermé il y quelques années. Il est actuellement à l'abondon (pas encore de remise en état). Il semble avoir un fort potentiel de renaturation eu égard à sa proximité avec les habitats naturels environnants. Le secteur est très intéressant pour le Hibou des marais qui le fréquente régulièrement mais il n'y a pas encore d'incide de nidification. Il présente un potentiel intéressant pour la Mélitée du Plantain qui présente une population importante sur le haut de falaises à proximité, sous réserve de sa renaturation. Ce secteur ne présente pas de sites aquatiques. Mais si des zones temporaires aparaissent , le site peut s'avérer très intéressant pour le Crapaud accoucheur qui est connu à proximité. La Rainette est présente non loin de là. L'Orvet et le Lézare vivipare sont présents en nombre sur ce secteur.