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La vallée de l’Aa entre Lumbres et Esquerdes est à rattacher au grand ensemble écologique constitué par la moyenne vallée de l’Aa et ses versants, en aval de Remilly-Wirquin. Au niveau de la Montagne de Lumbres, l’Aa change brutalement de direction avant son arrivée dans le golfe de St-Omer. Elle longe d’abord le versant nord de la vallée, particulièrement abrupt (Montagne de Lumbres et coteau de Setques) puis, en aval d’Esquerdes, serpente au milieu de prairies humides ponctuées de saules têtards. Ce système alluvial possède une forte diversité d’habitats hygrophiles depuis les hauts niveaux topographiques jusqu’aux prairies longuement inondables. On peut y observer une mosaïque de biotopes avec fossés, cours d’eau, mares, vasières, sources, prairies pâturées, boisement alluviaux… Cependant, l’intérêt floristique reste assez faible en raison des modes de gestion actuels : les prairies humides sont pâturées de façon trop intensive et sont probablement amendées pour la plupart ; des cultures intensives ainsi qu’un chantier de construction d’un hôpital remplacent certaines prairies alluviales. L’intérêt de la ZNIEFF se trouve principalement concentré au niveau du marais et du ruisseau de la Becque qui parcourt des prairies humides avant de se jeter dans l’Aa. Ce ruisseau est très diversifié en végétations aquatiques, amphibies et hygrophiles. On y retrouve notamment le Callitriche occidental (Callitriche truncata subsp. occidentalis) vulnérable et protégé dans la région. Les prairies humides mésotrophiles ont un bon état de conservation, et sont à rattacher à l’alliance de l’Oenanthion fistulosae. Le Rhinanthe à grandes fleurs (Rhinanthus angustifolius subsp. grandiflorus) s’y développe. Le marais est quant à lui pâturé par des chevaux alors qu’il possède une réelle potentialité de prairies hygrophiles paratourbeuses qui restent à caractériser. L’arrêt ou la diminution de la pression de pâturage et la mise en place d’une fauche exportatrice favoriseraient nettement le développement de végétations rares et originales dans la région. Le boisement alluvial reste assez bien préservé, avec différent niveaux topographiques dont ceux de l’Alnion glutinosae et de Alnenion glutinoso - incanae représenté par les végétations les moins hygrophiles et les plus eutrophiles de ces deux alliance et sous-alliance. Notons la présence d’une végétation saxicole bien exprimée sur les murs du Moulin de Confosse ainsi qu’une belle diversité bryophytique inféodée aux ambiances atmosphériques très humides. La ZNIEFF compte donc moins d’une dizaine d’espèces déterminantes et une dizaine d’habitats d’intérêt. Outre l’intérêt floristique et phytocénotique de cette ZNIEFF, l’attrait paysager du système alluvial de la zone est également remarquable grâce aux méandres sinueux de l’Aa ponctuellement boisés et dominés par les coteaux crayeux en rive droite. Au regard de la faune, l’intérêt majeur de la ZNIEFF concerne les Chiroptères, avec quatre espèces déterminantes dont trois sont inscrites en Annexe II de la Directive européenne Habitats. Le Murin des marais, inféodé aux milieux humides (ARTHUR & LEMAIRE, 2009), est classé quasi-menacé sur la Liste rouge mondiale (IUCN, 2010), il est rare et en danger en région (FOURNIER [coord.], 2000). Le Grand rhinolophe est classé quasi-menacé à l’échelle nationale (UICN France et al., 2009), il est assez rare et en danger dans la région Nord – Pas-de-Calais (FOURNIER [coord.], 2000). Le Murin à oreilles échancrées et l’Oreillard roux sont peu communs dans la région (FOURNIER [coord.], 2000). Le site présente également un intérêt important concernant la faune piscicole par la présence d’un réservoir biologique où la reproduction de Truite fario à été recensé.
Les périmètres des deux ZNIEFF 1ère génération (024-07 et 024-08) ont été fusionnés en raison de leur proximité et de leurs similitudes géomorphologiques. Cette ZNIEFF correspond aux versants pentus des ravins de Noir Cornet et de Pihem qui sont en partie occupés des ourlets calcicoles et un voile à Genévrier, végétations déterminantes de ZNIEFF. A ces deux ravins s’ajoute un long coteau crayeux correspondant aux versants nord et ouest du Mont d’Helfaut.
