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Sur l'estran, deux communautés macrobenthiques intertidales sont présentes :
- la communauté des sables intertidaux fins à moyens à amphipodes et Scolelepis spp. (A2.223) présente sur la plage depuis les hauts niveaux (zone de rétention) jusqu’aux bas niveaux (zone de résurgence). Elle est caractérisée par les amphipodes du genre Bathyporeia, les isopodes Eurydice spp et le polychète Scolelepis squamata
- la communauté des sables fins intertidaux à polychètes et amphipodes (A2.23) située dans les bas niveaux de plage (zone de saturation) est caractéristique des bas niveaux de l’estran (zone de résurgence inférieure + zone de saturation) et s’étend vers la zone infralittorale. Les espèces rencontrées sont des amphipodes tels que Bathyporeia pelagica et Pontocrates spp., des polychètes dont Nephtys cirrosa, Spio martinensis et Spiophanes bombyx principalement et des mollusques bivalves comme Donax vittatus et Ensis directus.La Dune du Perroquet présente toutes les communautés végétales de la dune sèche, depuis la dune embryonnaire jusqu’aux fourrés les plus évolués. Dans les vastes dépressions inondables apparaissent d’autres végétations très originales et abritant de nombreuses espèces végétales à haut degré de rareté régionale. La plupart sont inféodées aux pannes des dunes et leur survie dépend donc du maintien du fonctionnement hydrogéologique et de la faible trophie de ces biotopes tout à fait particuliers (inondation hivernales prolongées nécessaires à la conservation des bas-marais et des végétations amphibies oligotrophiles les plus précieux).
Sur le plan phytocénotique, plus d'une vingtaine de végétations déterminantes de ZNIEFF caractérisent ce massif dunaire, le plus diversifié des dunes flamandes littorales. Les pelouses dunaires abritent ainsi trois des cinq types de pelouses du Koelerion albescentis potentielles dans le nord de la France, et notamment les deux pelouses les plus rares, la seconde y ayant été identifiée très récemment (Groupement à Carex arenaria et Asperula cynanchica des sols fixés toujours riches en bases et Carici arenariae - Festucetum filiformis lié aux dépressions sèches en voie de décalcification superficielle). Au niveau des bas-marais dunaires du Caricenion pulchello - trinervis, la végétation la plus représentative et la plus diversifiée correspond au Carici pulchellae - Agrostietum 'maritimae', et notamment à sa variation des sols plus organiques (caricetosum paniceae), hébergeant le Choin noirâtre (Schoenus nigricans), la Valériane dioique (Valerianan dioica) ou encore l'Orchis incarnat (Dactylorhiza incarnata).
97 plantes déterminantes de ZNIEFF ont été relevées dans le périmètre (dix-huit sont d'observation antérieure à 2001). Parmi ces espèces, quatre sont protégées au niveau national (Gentianella amarella, Pyrola rotundifolia var. arenaria, Leymus arenarius et Viola saxatilis subsp. curtisii). La dune du Perroquet héberge également une des rares populations régionales connues d’une prêle très rare en France dans les zones de plaine : la Prêle panachée (Equisetum variegatum).
Elément du complexe dunaire de Flandre Maritime comprenant également la Dune Dewulf et la Dune Marchand, la dune du Perroquet accueille le cortège d'espèces faunistiques caractéristiques du milieu dunaire, composé de substrat meuble et sec, de végétation clairsemée et localement de dépressions humides temporaires ou permanentes. Ce site accueille deux espèces déterminantes de Coccinelles, deux espèces de Mammifères, trois espèces d'Amphibiens, trois espèces de Rhopalocères, neuf espèces d'Odonates, six espèces d'Orthoptères et onze espèces d'oiseaux.
Cette zone est utilisée par le Cochevis huppé et l'Alouette lulu pour nicher. Ces espèces caractéristiques du littoral et des terrils car fréquentant les milieux à végétation basse et clairsemée, sont toutes deux en danger critique d'extinction dans l'ancienne région Nord - Pas-de-Calais (Beaudoin & Camberlein, 2017).
Parmi les insectes présents sur le site, nous retrouvons des espèces liées à des milieux drainants (en particulier dunaires) à végétation clairsemée : le Criquet des jachères (Chorthippus mollis), espèce exceptionnelle pour le Nord - Pas-de-Calais (GON, 2014) car connu uniquement de Bray Dunes et de deux communes limitrophes, la Decticelle grisâtre (Platycleis albopunctata) et le Gomphocère tacheté (Myrmeleotettix maculatus), tous deux assez rares (GON, 2014) pour les Orthoptères et l'Agreste (Hipparchia semele), quasi-menacé (Hubert & Haubreux, 2014) et le Petit Nacré (Issoria lathonia) pour les Papillons "de jour".
Les pannes dunaires, quant à elles, sont colonisées par le Crapaud calamite (Epidalea calamita) et le Triton crêté, tous deux quasi-menacés (Godin & Quevillart, 2015), en période de reproduction. On y retrouve également les espèces colonisatrices des milieux pionniers comme le Tétrix des vasières (Tetrix ceperoi) ou le Leste sauvage (Lestes barbarus).
L'ajout de l'estran permettra d'englober les zones de reposoir pour le Phoque veau marin (Phoca vitulina) et le Phoque gris (Halichoerus grypus) qui fréquentent ce secteur du littoral.
De par la conservation et la variété de ses habitats, le cordon dunaire du littoral flamand, comprenant notamment la Dune du Perroquet, a une importance particulière pour des espèces rares à exceptionnelles, en particulier pour les plus menacées.
Cette ZNIEFF est concernée par le site de l'inventaire régional du patrimoine géologique n°NPC0001-1 intitulé « Massifs dunaires de la Flandre maritime » de rareté Régionale pour sa géomorphologie.
Le périmètre correspond à l'ensemble du massif dunaire du Perroquet abritant les mutiples espèces et habitats déterminants de cette ZNIEFF, enserrée entre la commune de Bray-Dunes à l'ouest, la frontière avec la Belgique à l'est et la voie de chemin de fer la longeant côté sud. Les deux campings installés au détriment de ces espaces dunaires ont été exclus du périmètre.
