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Le site de Fort-Mardyck comporte une grande variété de biotopes : bois , fourrés, friches, pelouses sèches, zones humides avec roselières, ceintures de végétations annuelles et végétations des vases saumâtres exondées… Les pelouses dunaires typiques des sols sableux calcarifères, bien qu’ourlifiées et plus ou moins embroussaillées en grande partie, contiennent plusieurs éléments originaires : elles pourraient être restaurées à travers un débroussaillage et une fauche exportatrice et voir augmentée leur diversité en espèces. Les zones humides, notamment celles localisées au niveau des anciens emplacements des cuves d’hydrocarbures, constituent des habitats souvent d'intérêt patrimonial à préserver de l'extension des roselières adjacentes. La présence d'espèces telles que la Salicorne d'Europe (Salicornia europaea), la Spergulaire atlantique (Spergularia media subsp. angustata), l'Aster maritime (Aster tripolium), le Laîche distante (Carex distans), le Jonc de Gérard (Juncus gerardii), le Scirpe maritime (Bolboschoenus maritimus)… témoigne de l'originalité de ce site relictuel, dans le Dunkerquois, pour des plantes halophiles et subhalophiles. Une trentaine d’espèces déterminantes de ZNIEFF sont présentes, dont 7 protégées au niveau régional. Citons plus particulièrement l’Oenanthe de Lachenal (Oenanthe lachenalii), rare espèce des prairies saumâtres du littoral et l’Erythrée littorale (Centaurium littorale), endémique nord atlantique liée aux sables frais des dépressions interdunaires. La diversité spécifique et de fortes densités de peuplements sont les deux caractéristiques majeures de l’avifaune ayant recolonisé les divers habitats des Salines de Fort-Mardyck qui forment un milieu dunaire enclavé dans un complexe industriel. L'intérêt faunistique de ce site est essentiellement ornithologique fortement marqué par la présence d'espèces de zones humides nicheuses. Ainsi la Panure à Moustache est nicheur probable sur le site ainsi que le Busard des roseaux en annexe I de la Directive oiseaux. La première a niché dans des roselières entourant des trous d’eau qui n’ont guère changé. Il leur est toujours possible de nicher. C’est peut-être encore parfois le cas car le site de moins en moins accessible, est peu inventorié. Le Roselin cramoisi, vulnérable au niveau régional niche irrégulièrement sur le site. Il a été uniquement entendu en juin 2006 mais le site est peu visité. La Cisticole des joncs, espèce de colonisation récente dans la région colonisait avant l'hiver 1985 les friches herbeuses du littoral calaisien (TOMBAL, 1996). Après une diminution sévère des effectifs du à l'hiver rigoureux de 1985, la dynamique est progressive sur l'ensemble du littoral à la faveur des hivers plus doux. Le territoire des Flandres maritimes de par sa situation géographique présente des enjeux aquatiques importants. En effet ce territoire présente un fort maillage hydrographique de par la présence du Delta de l’Aâ. Malheureusement sous les pressions anthropiques fortes et récurrentes, ce territoire s’est transformé. Dès lors, les milieux écologiques et la biodiversité qu’il pouvait représenter ont fortement diminué. Néanmoins, ce territoire reste à forts enjeux sur les espèces piscicoles notamment de par sa faible distance à la mer, à l’image de l’estuaire de la Somme ou de l’Escaut. Ainsi, la Flandre Maritime constitue un territoire importants pour la réalisation du cycle biologique de l’anguille, notamment la partie en eaux douces.
Ce site occupe des terrains sableux d'anciennes dunes littorales, en partie remaniées et ayant subi l'apport de matières exogènes. Dans la partie Nord-ouest, une surface importante est occupée par les emplacements d'anciennes cuves d'hydrocarbures aujourd'hui démantelées.
Extension du périmètre de la 1ère génération vers l’est (zone humide avec des trous d’eau en continuité avec ceux déjà présents), incluant notamment des roselières, des végétations aquatiques et plusieurs espèces déterminantes de ZNIEFF.
