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Cette ZNIEFF enclavée entre les zones urbaines, les industries et les cultures, présente donc dans son ensemble un intérêt écologique indéniable, en jouant le rôle important de corridor biologique fonctionnel (zone de refuge pour la faune et la flore) au sein de l’arrondissement de Lille. Elle est constituée d’une mosaïque d’habitats liés au système alluvial de la Deûle. Il est possible de se promener au sein de marais, au milieu de boisements plus ou moins humides, d’étangs, de prairies pâturées ou non, d’un réseau de fossés… Le marais d’Emmerin est notamment un secteur bocager remarquable à l’échelle de l’arrondissement de Lille, associant boisements, haies en bon état de conservation et prairies (plus ou moins eutrophisées). Certaines zones de dépôt de boues de curage altèrent toutefois la qualité écologique et paysagère du site et ont probablement remplacé des marais il y a plusieurs dizaines d’années, mais elles possèdent désormais l’avantage de constituer des zones tampon pour les marais qui subsistent. Bien que ces espaces aient pour principale vocation l’accueil du public pour des promenades et des loisirs en plein air, ils recèlent une richesse floristique et phytocénotique indéniable pour un secteur aussi urbanisé. Les ensembles les plus intéressants sont « la Gîte », « le marais d’Emmerin » et le « marais d’Haubourdin », avec une grande diversité de végétations aquatiques et amphibies, de prairies de fauches, de prairies humides pâturées, de mégaphorbiaies… Même si la qualité de ces phytocénoses est en nette altération depuis plusieurs dizaines d’années (eutrophisation générale des sites due à la dégradation de l’ensemble du bassin versant et de la pollution des eaux), elles abritent encore un bon nombre d’espèces déterminantes, plus ou moins rares pour la région et certaines exceptionnelles pour l’arrondissement de Lille : Butome en ombelle (Butomus umbellatus), Laîche vésiculeuse (Carex vesicaria), Éléocharide épingle (Eleocharis acicularis), Jonc à fleurs obtuses (Juncus subnodulosus), Potamot luisant (Potamogeton lucens), Samole de Valerandus (Samolus valerandi), Rubanier simple (Sparganium emersum), Scirpe des lacs (Schoenoplectus lacustris) ... Les secteurs de moindre intérêt phytocénotique possèdent toutefois un intérêt paysager et représentent surtout des témoins de végétations passées nettement plus intéressantes et possèdent donc un réel potentiel phytocénotique qui pourrait s’exprimer en partie si des travaux de restauration puis une gestion écologique adaptée étaient mis en œuvre. Au total, cette ZNIEFF, relique des vastes marais tourbeux de la Deûle (ayant hébergé, au début du vingtième siècle de nombreuses espèces oligotrophiles qu’il est illusoire de voir réapparaitre un jour en raison du niveau trophique actuel de ces marais), possède une vingtaine d’espèces et une bonne quinzaine de végétations déterminantes de ZNIEFF. Avec des chiffres si remarquables pour ce secteur périurbain, la gestion écologique de ces sites est donc indispensable pour la préservation et le développement du patrimoine naturel, surtout lorsque l’on observe les parcelles voisines, accueillant il y a encore peu de temps ces mêmes types de milieux, se faire grignoter à grand pas par l’urbanisation et l’industrialisation ! Concernant la faune, six espèces déterminantes sont présentes sur le site du Marais d’Emmerin-Haubourdin. Le Triton crêté est inscrit à l’Annexe II de la Directive Habitats mais il est néanmoins assez commun dans la région (GODIN, 2003). De fait, la population régionale a une importance particulière en terme de conservation. Cette espèce recherche des mares associées à des milieux boisés (pannes dunaires, plans d’eau et fossés intraforestiers, mares en milieu bocager) (GODIN, 2003). Une espèce déterminante de Chiroptères a été contactée dans le périmètre de la ZNIEFF : l’Oreillard roux, inscrit à l’Annexe IV de la Directive Habitats et peu commun dans le Nord – Pas-de-Calais (FOURNIER [coord.], 2000). Cette ZNIEFF constitue un des seuls sites régionaux de reproduction du Grand cormoran, localisé dans le Nord – Pas-de-Calais (TOMBAL [coord.], 1996). La Cisticole des joncs est nicheuse possible sur le site. L’espèce était considérée comme éteinte depuis 1985 en région lors de la parution de l’Atlas régional (TOMBAL [coord.], 1996) ; elle est observée ces dernières années sur l’ensemble du littoral et les marais situés à l’ouest de la région.
Les ZNIEFF 142-02 et 142-04 ont été fusionnées en une seule ZNIEFF : la 142-02 « Marais d'Emmerin et d'Haubourdin, ancien dépôt des voies navigables de Santes et le Petit Claire Marais ». Ceci se justifie par leur localisation très proche et surtout par les similitudes de leur contexte écologique, toutes deux constituées de marais, de bois et de zones de dépôt des voies navigables de France.
Une extension au Parc Mosaïc est proposée essentiellement pour la faune. Présence toutefois d’un herbier à Characées.
