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Cette ZNIEFF située au coeur de la Flandre borde l’Yser, ainsi qu’un de ses affluents : la petite Becque. L’Yser est un petit fleuve des collines de Flandre intérieure, dont l’ancien cours méandreux a été rectifié. Le fleuve, bordé d’une végétation arbustive irrégulière et de quelques vieux saules blancs taillés en têtard, a généré une vallée bocagère étroite, de 100 à 200 mètres de large. Quelques affluents (la Petite Becque, le ruisseau d’Herzeele et la Becque de Braems) alimentent le fleuve essentiellement en rive droite et donnent à la vallée un élargissement local. Malheureusement, sur une surface importante, les prairies sont fortement banalisées par l’emploi d’herbicides antidicotylédones et par l’eutrophisation des sols due à la fois à l’emploi d’engrais sur les prairies et à la dégradation généralisée des eaux de l’Yser. Ainsi, cette ZNIEFF n'intègre plus que deux prairies : la première étant la réserve naturelle régionale du Vallon de la Petite Becque et une seconde au niveau de la confluence entre l'Yser et la Becque de Braems. Ces deux parcelles sont gérées par le Conservatoire d’espaces naturels Hauts-de-France.
Dans ces prairies, on trouve une forte concentration de plantes déterminantes de ZNIEFF typique des mégaphorbiaies et du Bromion racemosi : l'Achillée sternutatoire (Achillea ptarmica subsp. ptarmica), le Brome en grappe (Bromus racemosus), la Cardamine amère (Cardamine amara subsp. amara), la Laîche bleuâtre (Carex panicea), l'Orchis négligé (Dactylorhiza praetermissa), le Jonc à tépales aigus (Juncus acutiflorus)...
Après réduction du périmètre de la ZNIEFF, sept espèces déterminantes d’oiseaux sont encore présentes sur le site. En particulier, le site de la réserve du Vallon de la Petite Becque, au sud, comprend une haie intéressante pour un cortège d’espèces bocagères : le Bruant jaune (Emberiza citrinella) la Fauvette grisette (Sylvia communis) ou la Tourterelle des bois (Streptopelia turtur). Caractéristiques des zones humides, aussi bien roselières et mégaphorbiaies que prairies humides, le Phragmite des joncs (Acrocephalus schoenobaenus) est également recensé sur cette partie de la ZNIEFF. La Rousserolle effarvatte (Acrocephalus scirpaeus), plus spécifiquement inféodée aux roselières, n'a plus été contactée sur le site depuis 2016 et son habitat de prédilection n'est pas présent sur la zone. La mosaique bocagère est un habitat apprécié par la Chevêche d'Athéna (Athene noctua), recensée dans les deux parties de la ZNIEFF : elle niche dans les cavités des vieux arbres des haies (en particulier dans la zone nord, les saules têtards le long de l’Yser formant un habitat de prédilection) et chasse rongeurs et invertébrés dans les prairies pâturées.
Ces prairies représentent peut-être un des derniers témoins du système prairial extensif avec celles de la ZNIEFF "Prairies humides de Wormhout" en amont et celles de la ZNIEFF "Vallée de l'Yser entre la frontière et le Pont d'Outkerque" en aval.
Périmètre correspondant aux prairies de la vallée de l’Yser entre Engelshof (commune de Bambecque) et le pont d’Houtkerque (commune d’Oost Cappel). Le périmètre a subi plusieurs modifications : réduction au lieu-dit "Pré aux Orchidées" afin d’exclure des cultures et une peupleraie, intégration de la réserve naturelle régionale du vallon de la Petite Becque (présence de Bromus racemosus, Dactylorhiza majalis, Dactylorhiza praetermissa, Valeriana dioica subsp. dioica, etc.), extension vers l’est afin d’intégrer les autres prairies de la vallée de l’Yser dans un but de cohérence systémique avec la ZNIEFF "Vallée de l'Yser entre la frontière et le pont d'Houtkerque" située en aval, ainsi que pour inclure une population de Criquet marginé (Chorthippus albomarginatus).
En 2022, une grande partie de la ZNIEFF a été finalement réduite. En effet, les champs et prairies inscrits dans cette ZNIEFF n'abritent guère plus d'espèces déterminantes de ZNIEFF et sont soumis à des pratiques agricoles incompatibles avec la préservation des milieux naturels. Ne sont ainsi conservés dans la ZNIEFF que la réserve naturelle régionale ainsi qu'une prairie au niveau de la confluence entre l'Yser et la Becque de Braems qui concentrent l'ensemble du patrimoine remarquable dans ce secteur de vallée.
L'ensemble du lit majeur de la vallée (principalement les prairies) est proposé en ZNIEFF de type 2.
