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Cette partie de la vallée de l'Yser est la plus en aval de la partie française de ce cours d'eau. Dans la majeure partie du site, la vallée est étroite, 100 à 200 mètres de large environ et est occupée par une alternance de prairies, de cultures et de vastes mares de chasse à fond plat, mais lorsque l’Yser atteint la frontière, la vallée s’élargit nettement en même temps qu’elle s’établit sur les dépôts flandriens de la plaine maritime. Ce secteur constitue l’extrémité amont des plus vastes prairies humides de la plaine de l’Yser présentes en Belgique.
Cette ZNIEFF abrite probablement les dernières prairies alluviales plus ou moins extensives, avec en amont celles des deux autres ZNIEFF de type I "Prairies humides de Wormhout" et "Prairies humides de Bambecque et la Petite Becque", toutes trois regroupées dans une plus vaste ZNIEFF de type II.
Les prairies étant relativement dégradées, l'intérêt de cette ZNIEFF réside surtout dans ses végétations aquatiques, réparties entre les mares des prairies et les mares associées aux huttes de chasse. On peut notamment observer la très rare Callitriche occidental (Callitriche truncata subsp. occidentalis) ainsi que plusieurs petits potamots : le Potamot fluet (Potamogeton pusillus) rare en Hauts-de-France, le Potamot capillaire (Potamogeton trichoides) assez rare et le Potamot crépu (Potamogeton crispus) peu commun. Quelques espèces déterminantes de ZNIEFF sont également encore présentes dans certaines prairies : l'Orge faux-seigle (Hordeum secalinum), assez rare dans la région, l'Oenanthe fistuleuse (Oenanthe fistulosa) peu commune et la Renoncule de Sardaigne (Ranunculus sardous) assez rare.
Au total, cette partie de la vallée de l'Yser est un secteur riche pour la nidification de plusieurs espèces d'oiseaux, dont 10 espèces déterminantes de ZNIEFF.
On recense ainsi plusieurs cortèges de passereaux avec différents degrés de spécialisation aux zones humides. Le Phragmite des joncs (Acrocephalus schoenobaenus), la Gorgebleue à miroir (Luscinia svecica) et le Bruant des roseaux (Emberiza schoeniclus) sont caractéristiques des végétations herbacées à buissonnantes hygrophiles et fréquentent les mégaphorbiaies et les fourrés autour des mares de chasse, à l’extrême Est de la ZNIEFF. La Linotte mélodieuse (Linaria cannabina) et la Fauvette grisette (Sylvia communis) occupent une grande variété de milieux semi-ouverts et sont présentes en diverses zones de la ZNIEFF, tandis que l’Hypolais ictérine (Hippolais icterina), d’affinité similaire, est plus particulièrement inféodé à la proximité de l’eau. Sur la ZNIEFF, il est présent dans les arbustes en lisière des prairies du sud-ouest de la ZNIEFF.
Les limicoles fréquentent également largement les diverses mares du site et les vasières qui les entourent. Certains y nichent. Le Vanneau huppé (Vanellus vanellus) se reproduit sur plusieurs des prairies incluses dans le périmètre. L’Avocette élégante (Recurvirostra avosetta) a niché sur les mares de chasse à l’est du site en 2015 et 2016, et des observations de l’espèce en juillet 2021 attestent d’une reproduction encore possible. Des observations d’Échasse blanche (Himantopus himantopus) en période de reproduction indiquent une reproduction possible également pour ce limicole sur le même site.
Enfin, parmi les autres espèces déterminantes, on relève la Tourterelle des bois (Streptopelia turtur) ainsi que la Chevêche d’Athéna (Athene noctua), plus généralement caractéristiques des milieux bocagers et semi-ouverts.Le site accueille également trois espèces d’insectes déterminants de ZNIEFF dont deux typiques des végétations herbacées des bords de mares ou de fossés et des prairies humides : le Conocéphale des roseaux (Conocephalus dorsalis), noté à plusieurs endroits, et la Coccidule tachetée (Coccidula scutellata) en bordure d’une mare de chasse frontalière. L’Hespérie de la Houque (Thymelicus sylvestris) est un papillon classé quasi-menacé dans la liste rouge du Nord - Pas-de-Calais (Haubreux et al., 2017), que l’on trouve généralement dans les milieux agricoles extensifs. La Mégère/le Satyre (Lasiommata megera) a été observé pour la dernière fois en 2006 sur cette ZNIEFF. Etant donné la tendance au déclin important de l'espèce dans la région, y compris dans la vallée de l’Yser où elle n’a pas été revue dans la période 2007-2014 (Haubreux et al. 2017) et depuis 2014 d’après SiRF, il est fort probable que l’espèce ait disparu de la ZNIEFF.
Périmètre correspondant aux prairies et étangs de chasse situés le long de l’Yser entre le pont d’Houtkerque et la frontière. Le périmètre a été restreint au nord et au sud en 2010 afin d’exclure les zones de culture intensive assez déconnectées de la vallée.
En 2021, les limites de la ZNIEFF ont été encore revues pour exclure à nouveau quelques parcelles cultivées et ne conserver autant que possible que les prairies et les mares à proximité de l’Yser, ceci dans la mesure où une ZNIEFF de type II permet d'assurer la prise en compte de certaines fonctions écologiques ou biologiques (norrissage par exemple) en intégrant d'autres espaces. Une extension a été proposée pour ajouter une hutte de chasse (à l’est du lieu-dit les "Quatre extrémités") dans laquelle a été observée en 2021 la Callitriche occidental (Callitriche truncata subsp. occidentalis).
L'ensemble du lit majeur de la vallée (principalement les prairies) est proposé en ZNIEFF de type 2 : Vallée de l'Yser de Wylder à la frontière belge (310030124).
