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La moyenne vallée de la Lys s’étend entre Thérouanne et Aire-sur-la-Lys. Elle se situe aux confins des collines crayeuses de l’Artois qui disparaissent, plus à l’est, sous une couverture argileuse de plus en plus épaisse. Cette ZNIEFF se présente comme un ensemble assez vaste intégrant le système alluvial du fond de la vallée comprenant quelques bois, bosquets. Tous ces habitats composaient un paysage encore relativement équilibré dans les années 1990, son attrait étant alors accentué par les nombreuses mosaiques de végétations dont les vieux saules têtards constituaient un élément fondamental. Aujourd’hui, d’un point de vue plus écologique, ce tronçon de vallée alluviale parait nettement plus anthropisé et artificialisé, notamment du fait que le lit majeur est parcouru par un réseau de fossés entre Mametz et Aire-sur-la-Lys et qu’une surface assez importante de peupleraies est à noter sur la commune de Mametz. La partie médiane recèle aussi plusieurs plans d’eau, correspondant à d’anciennes ballastières et le site, coupé par l’autoroute A 26, héberge plusieurs campings. D’une manière générale, le lit majeur, côté rive gauche, est plutôt occupé par des cultures. Quelques secteurs de prairies, parfois en système bocager, subsistent également, notamment vers l’extrémité amont, sur Crecques, Mametz et dans la partie la plus en aval.
Le périmètre correspond globalement à l'ensemble du lit majeur de la Lys entre Thérouanne et Aire-sur-la-Lys.
Ce périmètre très vaste présente un patrimoine naturel diffus. A ce titre, historiquement inscrite en ZNIEFF de type 1, cette ZNIEFF est requalifiée en ZNIEFF de type 2 pour le corridor écologique qu'elle constitue. Les zones de grande culture et la mosaique de prairies et de bois (bois du Séchier et de Rebecques) qui surplombent la vallée au nord et étaient incluses dans le périmètre de la ZNIEFF de type I, ont été retirées du périmètre car elles constituent des entités écologiques distinctes.
