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Il appartient au vaste ensemble écologique formé par la moyenne vallée de l’Aa et ses versants. II est constitué, dans sa partie inférieure de craies marneuses du Turonien moyen et inférieur, puis de craies blanches à silex du Turonien supérieur et du Sénonien surmonté d’une couche d’argile à silex en haut de versant. Côteau tout-à-fait impressionnant et remarquable par son relief marqué, sa pente abrupte et sa hauteur (environ 70 m), surplombant la vallée de l’Aa, très sinueuse à ce niveau. Il présente également la grande originalité d’être exposé au nord, seul cas de la région. Il appartient au complexe de la Montagne de Lumbres dont le versant sud est constitué par les coteaux d’Elnes et de Wavrans. Grâce à sa géomorphologie, il possède une grande valeur paysagère, exceptionnelle pour la région (presque digne des coteaux de la vallée de la Seine), et de fortes potentialités floristique et phytocénotique. Cependant, laissé à l’abandon, sans aucune gestion conservatoire, il s’appauvrit énormément par ourlification et surtout par la colonisation trop importante des ligneux, à l’est et à l’ouest du coteau. Seule une petite surface de la partie centrale reste intéressante, et à peu près préservée grâce à la présence d’éboulis crayeux stabilisés ou non. Il est possible d’observer un gradient de trophie du bas vers le haut du côteau, mais également un gradient hydrique, accentué par l’exposition au nord qui favorise la présence d’espèces mésohygrophiles dans le bas du coteau (Eupatorium cannabinum, Cirsium x rigens (= C. oleraceum x C. acaule), Angelica sylvestris…). Ces gradients s’observent à travers les végétations qui se différencient du bas vers le haut, avec le Groupement à Brachypodium pinnatum et Eupatorium cannabinum au sein duquel on rencontre plusieurs espèces déterminantes telles le Cirse acaule (Cirsium acaule) et le Trèfle intermédiaire (Trifolium medium), des fragments de la pelouse mésophile de l’ Avenulo pratensis - Festucetum lemanii blackstonietosum perfoliatae associé à l’ourlet mésotrophile du Centaureo nemoralis - Origanetum vulgaris, puis pour finir les prairies eutrophiles du Rumici obtusifolii - Arrhenatherenion elatioris. En effet on constate une nette eutrophisation du haut du coteau par les écoulements des champs et boisements plantés sur le plateau. Les cultures du plateau permettent toutefois le maintien du Grémil des champs (Lithospermum arvense) et du Fumeterre à fleurs denses (Fumaria densiflora), inféodés aux cultures sur sols riches en bases. Le nombre actuel d’espèces et de communautés végétales déterminantes de ZNIEFF est bien inférieur à ce qu’il pourrait être : une dizaine d’espèces et 5 végétations. La réouverture du milieu par pâturage extensif permettrait au site de révéler ses potentialités écologiques. Les milieux herbacés du Côteau de Setques, situé dans l’ensemble écologique de la moyenne vallée de l’Aa et ses versants, joue un rôle de refuge pour la faune, les milieux agricoles environnant ayant une capacité d’accueil limitée. Deux espèces déterminantes de Rhopalocères y ont été observées : l’Argus frêle (Cupido minimus), assez rare en région, et le Demi-deuil (Melanargia galathea), peu commun dans le Nord – Pas-de-Calais (HAUBREUX [coord.], 2005). Ces deux espèces se rencontrent habituellement dans les prairies maigres et les pelouses (LAFRANCHIS, 2000).
Une extension proposée au sud (lieu-dit les Rietz), par souci de cohérence écosystémique, pour supprimer une enclave entre cette ZNIEFF et la ZNIEFF 024-05 « Pelouses crayeuses de Wavrans et Elnes » et pour intègrer les observations du Dectique verrucivore.
