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Les coteaux de Pernes représentent l’un des derniers vestiges de l’activité agropastorale itinérante pratiquée au cours du siècle précédent dans le secteur du Béthunois. Malheureusement l’abandon actuel de ces pratiques ou, à l’inverse l’intensification du pâturage entraîne une dégradation importante des prairies et pelouses calcicoles inféodées à ce contexte géomorphologique. La majorité des parcelles présentant un réel potentiel en termes de valeur patrimoniale et de diversité écologique sont abandonnées et évoluent vers ourlification et embroussaillement, voire sont plantées de feuillus ou se transforment en parcelles à vocation cynégétique. Cependant, dans les layons gérés occasionnellement, il est encore possible de retrouver quelques espèces très intéressantes, qui donnent un petit aperçu de ce que pourraient être ces espaces s’ils étaient restaurés : un haut lieu de biodiversité, comme la plupart des coteaux crayeux bénéficiant d’une gestion adaptée.
On retrouve sur le site quelques espèces reliques de ces pelouses calcicoes : la Gentiane d’Allemagne (Gentianella germanica), et surtout le Mélampyre des champs (Melampyrum arvense) et l'Euphraise des bois (Euphrasia nemorosa).
La zone embroussaillée dans la partie Est de la zone constitue en outre un habitat favorable à plusieurs espèces d'oiseaux déterminantes des milieux semi-ouverts : Pouillot fitis (Phylloscopus trochilus), Bruant jaune (Emberiza citrinella), Fauvette grisette (Sylvia communis) et Tourterelle des bois (Streptopelia turtur).
Les potentialités importantes du site se retrouvent également dans les végétations, en effet même si les végétations de pelouses sont fragmentaires, on observe la série dynamique typique des coteaux de l’Artois, les végétations forestières étant les mieux représentées sur le site.
Les coteaux de Pernes font partie des coteaux non recensés, par manque de données, lors de l’inventaire des ZNIEFF de première génération. En effet, bien qu’ils soient en partie dégradés, ils possèdent encore un intérêt floristique et phytocénotique non négligeable qui justifie leur inscription à l'inventaire.
Le périmètre proposé englobe le coteau de Pernes, le coteau Calais et les bois adjacents qui abritent plusieurs éléments d’intérêt patrimonial.
En 2021, plusieurs petites extensions complètent le périmètre. Pour des raisons de fonctionnalité (milieux similaires ou complémentaires), sont ajoutées, au Nord, plusieurs parcelles prairiales et un petit bois, et au centre une prairie ainsi qu'un autre petit bois. A l'Est, de l'autre côté de la départementale, une prairie calcicole piquetée de nombreux fourrés (très favorable à la faune et abritant notamment plusieurs espèces déterminantes d'oiseaux typiques de ces milieux, à l'instar du Pouillot fitis et de la Fauvette grisette) a également été ajoutée. A contrario, plusieurs parcelles agricoles, principalement à l'est du périmètre, ont été exclues.
