L'Yser prend sa (ou ses) source(s) à Buysscheure (62), passe à Bollezeele, Esquelbecq, Bambecque puis franchit la frontière. L’Yser est un fleuve côtier qui s’écoule sur environ une quarantaine de kilomètres jusqu'à la mer. À ce niveau l’Yser est très artificialisé, totalement endigué dans la plaine des polders jusqu’à Nieuwport. Son parcours français est d’environ 30 kilomètres en suivant une pente moyenne de 0,9 ‰. L’Yser a la particularité de présenter de nombreux affluents constituants un linéaire d’environ 190 kilomètres.
Les pressions exercées sur le bassin versant au niveau du peuplement piscicole résultent principalement :
• Des recalibrages et rescindement de méandres
• Des apports excessifs en éléments nutritifs principalement d’origine agricole avec notamment des phénomènes de lessivage important.
L’Yser et ses affluents ont fait l’objet de la définition d’un contexte piscicole au sein au Plan Départemental de Protection du milieu aquatique et de gestion des ressources piscicoles. L’Yser et ses affluents constituent un contexte cyprino-ésocicole avec pour espèce repère le « Brochet ». Le peuplement piscicole de ce cours d’eau peut être caractérisé par les pêches électriques réalisées annuellement dans l’Yser à Bambecque, par les Agents Techniques de l’Environnement de l’Office National de l’Eau et des Milieux Aquatiques dans le cadre du réseau de suivi annuel.
Les résultats de ces inventaires montrent que l’Yser présente un peuplement piscicole quasi –conforme au peuplement théorique. En effet le peuplement est diversifié, néanmoins on notera l’absence de l’espèce repère brochet démontrant le manque d’habitat favorable à l’accueil et la reproduction.
On notera plus particulièrement la présence de :
• L’anguille
• La loche de rivière Cobitis taenia
• l’able de Heckel Leucaspius delineatus : Annexe III de la Convention de Berne
Les différentes études mises en œuvre par la fédération notamment par Beldame en 2006 ont démontré les capacités biologiques de ce cours d’eau. En effet malgré l’anthropisation du bassin versant et la pression agricole exercée, L’Yser présente encore des zones humides potentiellement favorables pour la reproduction du Brochet. Ces zones humides peuvent également constituer des zones très favorables à l’accueil de l’anguille sur ce bassin versant. Les données de l’ONEMA en 2009 montrent des données relativement intéressantes, car les densités d’anguilles obtenues sont parmi les plus importantes dans le département (850 individus. Ha-1).Cette qualité est d’autant plus renforcée de par une continuité écologique importante au niveau du cours principal et des affluents associés. Ainsi, l’observation des densités d’anguilles démontre l’importance de ce cours d’eau dans sa dimension longitudinale et latérale (lit majeur) pour la préservation de cette espèce.
La ZNIEFF correspond à une portion de l’Yser située sur la commune d’Escquelbecq depuis la ligne de chemin de fer à l’ouest jusqu’aux premières pâtures à l’est de la commune.